写在前面，对于生信新手来说，不熟悉代码的基础，总是空中楼阁一般，想搜一条代码、做一些适合自己数据的运算更是难上加难，踩过的坑总要填，为了新手们不要像我一样浪费时间在这苦恼的代...
IP属地：上海
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基因型数据与1000G merge后做PCA看人群分布
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SNP过滤时常用参数的解析（群体遗传）关于为何要进行SNP的过滤： 第一，低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或GWAS的分析结果，甚至影响后续对生物学问题的解释；第二，群体研究时，由于测序的个体较多检测出来...
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GWAS：表型的标准化（the normalization of phenotype）
GWAS表型的标准化方法一般有Quantile normalization、Inverse rank normalization、Z-score normalization等...
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3.1 GWAS：表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理精确的表型检测是关联分析的关键，GWAS对数量性状和质量性状都适用。 1.各类性状的特点及鉴定与考察建议 2.表型的基本处理 2.1 正态性检验 关联分析属于线性模型，要求...
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ggplot2之文本换行在做基因富集时，有些通路特别长，以至于使图片的大小不好控制，这种情况可以用stringr包的str_wrap来完成文本自动换行。如使用clusterProfiler的barp...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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GWAS分析-P值和beta值的爱恨相杀 (六)前面已经简单介绍过GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值，他们分别代表什么意思？这两个值又有什么关系呢...
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多种方法实现基因ID SYMBOL 与 ENTREZID转换方法一 ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）ID转换用到的是bitr()函数，但我的SYMBOL 转 ENTREZID...
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【plink系列】第2篇-如何修改plink里的样本信息
接着上次写了plink的第1篇基本格式后，小Q今天开始写第2篇-如何修改plink里的样本信息啦！ 第1篇-数据格式：https://www.jianshu.com/p/eb...
