富集分析 基因富集分析（gene set enrichment analysis）是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。研究方法可分为三种：Over-Repress...
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关于功能富集分析的基础知识 -
看不懂测序峰图就好像有答案都不会抄
这篇文章的测序原理的部分本不在我的计划范围内，原本只是想回复一下之前部分读者关于套峰的问题，想着学习一下不同测序峰形的结果以及改进方法。某天晚上我打开华大基因的网页客户端，检...
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生物信息常用文件格式fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。这里简单介绍下，fasta格式的文件通常后缀名为.fasta 或者.fa， 其实这都无所谓，因为都是...
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都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c]， 详细介绍了fastq-dump的用法...
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aspera 使用（简版）
系统：ubuntu 18.0 环境：miniconda3 软件安装：conda install -c hcc aspera-cli 下载数据： 通过SSH连接： ascp -...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb库 enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。 ge...
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转录组学习八（功能富集分析）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
