linux基本命令 第六章 Linux文件与目录管理 极客学院服务器 高通量相关基础知识 生信一百讲 1、 Anaconda Anaconda是一个Python下和Canop...
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RNA-seq完整分析过程 -
R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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【shell笔记>命令】linux简单命令速览
ls -F可以轻松区分文件和目录 ls -F -R -R为递归选项，它会列出当前目录 ?表示一个字符 *代表0或多个字符 cp -i会询问是否覆盖已有文件 cp -R可以递归...
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MEGA 美化进化树MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树构建以及推断、估计分子...
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IQ-TREE最大似然法构建系统发育树的神器IQ-TREE：最大似然法构建精确、快速、灵活、广泛的系统发育树 IQ-TREE自2011年就已经开发并开源，至今都有专业团队维护，其名字来源于IQPNNI和TREE-PUZ...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
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使用Pheatmap包绘制差异miRNA热图说明：测序报告中，生物公司给出的Excel文件，可以将excel另存为csv格式，便于后续分析，当然也可以安装可以直接导入excel文件的R包。 pheatmap参数调整:添...
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R包pheatmap绘制热图前言:欢迎关注微信公众号：生信天团本文微信连接：R包pheatmap绘制热图此文参考自B站孟浩巍的系列视频[1]代码，利用个人测序数据绘图，现学现卖，不足之处，请多指教； 1...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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R学习资源-更新中......
关于学习R的网络资料和书籍，分享给大家！ 1、bioconductor.github.io/BiocWorkshops/2、哈佛大学R课程3、R零基础教程4、R 数据分析指南...
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gene ID / Gene Symbol / Ensembl ID
1. 各种ID名称介绍 Gene ID 也称Entrez ID/EntrezGene ID ，是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎, 其对不同的 Gen...
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系统发育（进化）树绘制小结1.分析软件 很多很多软件，最常用的有： Mega PHYLIP 构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法），Booststrap验证。 通常如果是fast...
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lnc RNA学习笔记概述 非编码RNA，根据其长度的不同可分为长链非编码RNA和短链非编码RNA。转录本序列长度在200 bp 以上的非编码RNA 通常被称为长链非编码RNA（long non-...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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总结一下自己构建物种进化树的过程
我是使用OrthoFinder构建的物种进化树，前期的参数解读及设置，详情请看我师兄的简书：https://www.jianshu.com/p/16e0bbb2ba19我的话...
