很久不见。错过了很多的询问和回复，很抱歉。这段时间在整理我的第一篇paper，大部分涉及的东西不太具有可分享性（其实也是应该记录的）—————————————————————...
发简信
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ENCODE ChIP-seq数据 | 从下载到分析 -
环状DNA (eccDNA)分析学习笔记
最近在学习当下很火的环状DNA（eccDNA）的建库技术以及生信分析，特此记录。 No.1 去低质量&去接头 这一步需要注意的是低质量碱基的quality cutoff, 2...
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如何统计测序文件的reads长度分布记录今天学会的一个小知识：统计测序文件的reads长度分布 由于某些原因，需要统计reads长度分布对建库方法进行质控，对测序数据进行可用与否的评估。 有两个文库：质检差别比...
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单细胞测序分析学习笔记
这一笔记的主要目的是记录学习和实践过程，所写皆尝试过为可用操作，看到的各位小伙伴有更好的操作欢迎随时交流~ 1. 创建 R 4.0以上的conda 环境[1]： 2. 安装...
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科研实验成功指南 | 低浓度质粒真的包不好慢病毒吗？今天要记录一个很实用的实验技巧：如题，怎么利用低浓度的质粒包好慢病毒吗？ 慢病毒已经成为目前生命科学领域一个很常用的进行基因表达调控的实验方法了。目前也很多公司商业化包装能达...
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生信-单细胞分析 | scATAC分析踩坑记录课题需要某一篇已发表文章的基于10x Genomics平台的scATAC-seq数据，于是乎，开始了踩坑指南。 No.1 数据下载 众所周知，公共数据的下载一般主要有GEO和...
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写得很好，且非常有帮助的文章！！！但是博主，按照这个流程，我发下一个问题: fasterq-dump转SRA生成的fastq文件可能reads的名字会被更改，对于PE测序不太友好。在fastq-dump里也是需要用到--defline-seq 这个参数来指定reads命名，这样才可行，找了一圈没在fasterq-dump中发现相应参数呢
生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）
部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（软件安装 + 数据获取 + c...
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人丑就要多读书呀
