vscode + sftp 插件，实现远程连接编辑服务器代码. vscode 安装 sftp插件 创建sftp配置 使用 ctrl+shift+p 快捷键调出输入框，选择 S...
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Visual Studio Code如何连接远程服务器？ -
如何上传测序数据至NCBI？文章发表一般要求将测序数据上传至NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。上传到NCBI 的数据可归纳为两大类：测序原始数据和分析数据。原始数据（...
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R package：circlize环状热图1.读取基因表达数据 这是我的基因表达量数据 1.1提取部分数据集 1.2提取基因表达值所在的列，组成新的矩阵，并将矩阵转置 为什么要转置，参考https://www.jia...
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R语言-菌群alpha多样性之箱线图绘制箱型图（Boxplot）或者盒图是一种能同时展示一组或多组数据的极值、四分位数、中位数和离群值，显示数据离散情况的统计图。下面介绍一下如何在R软件中利用箱形图可视化两组微生物...
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R语言-使用ggplot2绘制测序深度图本文展示如何使用ggplot2包绘制测序reads深度分布图，即用条形图来展示每个位点的测序深度，以及用饼图来展示检出病原的分布。 作图数据说明 传递文件1“VM00986....
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扩增子分析软件QIIME2 必知必会扩增子一站式分析平台QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接档QIIME1 极简操作 QIIME2是微生物组分析流程QIIME的全新版,采用P...
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R语言-使用ggplot2绘制物种丰度堆叠柱状图本文使用某宏基因组测序数据中的种水平类群丰度表，并直接根据所有种相对丰度总和，提取出top10丰度的种类群，作图展示这些种的丰度组成，top10外的类群合并为“Others”...
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你好，请问一下滑窗剪切时的参数设置为多少合适呢？20:20可以吗？另外，用Sliding Window 的话就不需要用 LEADING 和 TAILING了吗？
NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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QIIME2微生物组分析流程
QIIME2功能介绍 1、数据导入 示例 2、生成OUT表 示例 3、操作特征表 特征表统计 过滤特征表：过滤样本 4、多样性分析 核心多样性（无系统发育树） alpha多样...
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samtools软件的安装及用法
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计...
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FastQC数据质控报告的详细解读
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 测序平台编号，现在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33编码 Total sequ...
