本文首发于微信公众号：生物信息学习 最近实验室开始用python的越来越多了，看着大家都在进步，哈哈，也是一件蛮有成就感的事情。 但是最近师妹还是有新的需求，想把fastq里...
发简信
IP属地：上海
-
如何用python把fastq里所有序列的前几个碱基提取出来
-
用maftools一行代码画出瀑布图本文首发于微信公众号：生物信息学习 昨天本科的一个师姐问我关于瀑布图的画法，想要画个瀑布图，问我有没有有什么工具可以画的，目标图如下： 于是给师姐介绍了maftools这个R...
-
如何做seqlogo图微信公众号：生物信息学习 最近我们需要做个seqlogo图，之前给大家介绍过一个在线版的做seqlogo的工具，但不太满足我们的要求，于是我们又找了几个工具，最后发现ggse...
-
对bam文件做downsample
微信公众号：生物信息学习 如果各个样本测的数据量相差较大，想把这些样本downsample到相同的reads，可用以下方法：目标reads数为15000000，需要先计算出需...
-
热图heatmap的多种做图方法及代码汇总
在我们看paper的时候，heatmap毫无疑问是我们经常能看到的图之一，那如何做出heatmap呢？小编今天给大家介绍几种heatmap的方法。 R自带函数heatmap ...
-
R安装旧版本的包
今天发现含有argparser这个R包的代码用不了了，经过多方排查，发现之前的argparser这个包是0.4版本的，而现在被更新到了0.6版本。如何查看R包的版本： 我们知...
-
linux,R,python傻傻分不清
有时候我不一定能及时回复，但没回复的消息我一般会置顶聊天记录，闲下来会一一回复。最近有多个朋友问我这个问题： 其实有个问题我一直不太明白，linux是一个系统，python是...
-
R知道了函数如何查看其来自哪个包
help(函数名)或者？函数名比如我想知道unite这个函数来自于哪个包，则直接?unite在unite这个函数介绍的页面中会看到unite {tidyr}那么unite就是...
-
vi多行注释或删除多行注释
微信公众号：生物信息学习 添加多行注释的方法： 1.进入vi/vim编辑器，按CTRL+V进入可视化模式（VISUAL BLOCK） 移动光标上移或者下移，选中多行的开头3....
-
用R画boxplot+dotplot+violinplot+jitter及代码
微信公众号：生物信息学习 我们在想要展示我们的科研成果的时候经常会需要用到一些图，其中boxplot,dotplot,violinplot和jitter等是我们经常要用到的图...
-
R画dumbbell chart及代码我们在想要展示我们的科研成果的时候经常会需要用到一些图，其中dumbbell chart也是我们常用图之一，dumbbell看起来复杂，但是也是可以用R画的，代码如下： 看起...
-
R画slope chart及代码我们在想要展示我们的科研结果的时候经常会需要用到一些图，其中slope chart也是我们常用图之一，slope看起来复杂，但是也是可以用R画的，代码如下： 恭喜你，又学到了...
-
R画scatterplot及代码微信公众号：生物信息学习 在数据分析中经常会需要画各种图，其中比较常见的图之一就是scatterplot，那用R如何画好看的scatterplot呢？可以用geom_poin...
-
用高版本R的人注意了
微信公众号：生物信息学习 当我们安装R包的过程中，使用到了如下命令： 但是却出现了如下错误： Error: With R version 3.5 or greater, in...
-
用高版本的R的人注意了
当我们安装R包的时候出现了以下错误 Error: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages u...
-
国庆节快乐，一行R命令绘制一幅中国地图来庆祝祖国生日吧还记得初中学的地理吗？有没有尝试着自己画幅中国地图呢？ 绘制出的祖国地图如图所示： 当然地图的绘制是需要两个R包的。 那如果想要修改颜色等，可以通过参数来调整 是不是很简单呢！
-
用R画火山图的几种方法
微信公众号：生物信息学习 火山图（volcano plot）常用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢？首先需要知道，火...