关于16S扩增子的分析流程，深圳基因组所的刘永鑫老师已编写了十分详尽的教程，让人人都能上手16S分析，而代谢组分析结果一般都由送样公司直接交付。通过16S+代谢组学的联合分析...
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微生物组代谢组联合分析学习笔记（一） -
3K水稻SNP数据集的简单利用3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。该研究对来自89个国家的3,010份水稻品种进行了重测序...
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大佬你好!想请教一下vcffilter命令中过滤的AB值代表什么,为什么在vcf文件表头中没有说明
关于SNP的过滤（2）：如何使用vcftools进行SNP过滤
继续上一节课教程的下半节，继续介绍一些其他过滤SNP的工具，欢迎大家跟着学习。 从现在开始，过滤步骤假定vcf文件是由FreeBayes生成的。（但是其他的vcf也是类似的，...
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Dsuite: 从VCF文件中快速计算D-统计量和亲缘相关性的工具
工具背景介绍 D统计量（也称为ABBA-BABA统计量）和相关统计量通常用于评估种群或紧密相关物种之间的是否存在基因流。当前计算D统计量的工具大多数都需要该工具自定义特定的文...
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Tajima's D 中性检测的指标
Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究员田田文...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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「博客翻译」SNP过滤教程（一）原文地址: SNP Filtering Tutorial 感觉文章写的真棒，于是就翻译了一遍 目标 学习如何使用VCFtools根据缺失信息，基因型深度(genotype d...
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带零食来二号楼411，好好认识一下
群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释
从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcf...
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群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcf...
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群体遗传学习笔记-基因型缺失数据的填充
Genotype Imputation是在高通量测序中常出现的定义，按照义译就是基因型填充。要真正理解imputation这个概念，我们就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
