一、暴露因素的数据要求： 1.对于暴露因素的GWAS数据，TwoSampleMR需要一个工具变量数据构成的data frame，每行对应一个SNP，至少需要4列，分别为： S...
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📘孟德尔随机化之Exposure data
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多组学水平的孟德尔随机化分析+three-step SMR 应用实操
多组学分析：在基因表达、表观遗传、蛋白、单细胞及微生物组学等水平上，利用组学数据比较不同组学水平的疾病和健康对照，从而鉴定潜在的致病机制。 药物靶点孟德尔随机化分析：探究是其...
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使用CRISPR/Cas9进行基因敲除实验详细步骤解读protocol
本文是方便查看，系统整理了冻春卷同学的教程。放到一起方便学习。原文分散在链接：https://www.jianshu.com/p/a215be12e3f6[https://w...
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CRISPR-Cas9基因编辑4--确定Cas9质粒构建成功+漂亮的质粒转染简介和前期文章 我对之前的所有教程进行了再次详细的总结CRISPR-Cas9基因编辑之背景介绍及gRNA设计（上）[https://www.jianshu.com/p/e5c...
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比较赞同4楼的说法，所以与其这么折腾，不如做基因的同源转换，对表达矩阵里的基因名做同源转换后再跑SCENIC。
创建大鼠cistarget参考数据库
运行SCENIC做单细胞的转录因子分析时遇到一个问题，就是运行SCENIC所需的输入文件中需要用到cistarget database的参考motif文件，而这个在SCENI...
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Fastq-dump: 一个神奇的软件现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤...
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Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 说起轨迹推断，很多人的第一印象就是monocle的轨迹图，大概率是长这样子的： 如果说单细胞转录组数据分析中的分群是...
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如何不使用 plot_pseudotime_heatmap画出热图？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先调出它的源代码 根据上述代码，总结起来就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析
Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在Nature Biotechnology上。Palantir将细胞分化模拟为一个随机的过程...
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Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-5-发育谱系推断及可视化
刘小泽写于19.10.24笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA） 快速整合数据我们提出了一个稍微修改的工作流程，用于整合 scRNA-seq 数据集。我们不再使用（"CCA"） 来识别锚点，而是使用互惠 PCA （"RPCA"）。在使用RPCA确定任意...
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单细胞与GWAS数据的联合分析复杂性状的细胞类型表达特异性整合（CELLECT）是一个计算工具包，用于识别复杂性状潜在的可能病因细胞类型。CELLECT利用现有的遗传优先级模型，在识别可能的病因细胞类型时...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析
在用Seurat包做多样本整合的时候，我们通常采用两种方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合这里我们来解析一下FindInt...
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BBKNN：python单细胞样本整合和批次效应处理算法2020.09.09 本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的...
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单细胞转录数据分析之ScanpyScanpy 是一个基于 Python 分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。https://genomebiology.biom...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换liftover 是UCSC提供的一个用于不同基因组注释版本间基因组坐标转换的工具。UCSC 提供了一个web版本；数据过多时用起来很不方便，也可以下载程序到本地进行批量操作...
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Diffusion Map在单细胞中的应用单细胞降维 基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非线性的降维模式。对于单细胞表达谱而言，该降维方法有利于...
