咋没更新呢
target数据库初探在简书上看了很多文章，有很多收获，但自己从来没写过。 生信有很久没碰了，因为需要，又一次捡了起来。 之前在TCGA数据库一直没有找到骨肉瘤的临床数据，不能把基因表达和临床预后...
IP属地：重庆
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R ERROR:plot.new has not been called yet解决办法
我在用polt画图时，plots处是能显示图片的，并且运行也没问题，但我想保存这个图片运行下面的代码时，就报错了： pdf("nomo1.pdf",height = 6, w...
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你好，我从TCGA下载了甲基化数据，从UCSC上下载了探针和基因的对应文件，请问怎么整理成行是基因，列是样本的矩阵呢
甲基化数据预处理（R语言）
一. 实验目的 学习如何下载甲基化数据及如何获得每个探针的甲基化水平（beta值）。 二. 实验数据及步骤 数据：来自GEO GSE27284_non-norm...
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利用nnls进行反卷积运算相比较SVR而言，这里有另外一种解决单细胞反卷积的方法，nnls（非负最小二乘）文章链接：《Bulk tissue cell type deconvolution with ...
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你好，自定义那个R包怎么获取呢？谢谢
R语言计算两组数据变量之间相关系数和P值的简单小例子
最近在看植物长链非编码RNA的内容，数据分析里有个一内容是预测lncRNA的反式作用元件，通常的做法是利用表达量数据计算皮尔逊相关系数，然后设置一定的阈值进行筛选 比如 Ho...
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你好，答疑群能分享下嘛？
我想问个问题，CIBERSIRT的结果一列有RMSE，我的是0.6、0.7左右，但P值都是0。请问结果可信嘛，我怕RMSE太高了。量化免疫浸润时CIBERSORT的注意事项
CIBERSORT的注意事项 CIBERSORT的使用，我们举了几个例子，但是还有一些疑问，只要有疑问在，就感觉心里不踏实。比如：1.CIBERSORT需要什么样的数据？是芯...
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R Error: BiocParallel errors 1 remote errors, element index: 1 506 unevaluated and other errors解决办法我在用minfi包下面这个函数读取甲基化数据的时候， RGset1 <- read.metharray.exp(targets=targets1, force = T) 出现...
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R报错Error: unexpected symbol in:XXX及解决办法
R报错内容如下： 遇到这样的报错，首先检查自己的语法是否错了，然后检查报错地方的文件名或列名、行名等是否弄错了。 我是当时检查后发现都没问题，但仍出现相同的报错。 经过一通查...
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你好，手动下载某一个样本GSM甲基化数据的时候，Grn和Red类型都要下载嘛
甲基化读入直接读入beta矩阵
最近从geo上下了一个比较大的甲基化数据集（GSE145361），idat文件一共有3778个（grn和red一一对应），本想直接利用构建好的pd文件和idat原始文件直接读...
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多种方法清理电脑内存，解决电脑卡问题电脑用久了或者不适当的使用，可能会出现电脑卡的情况，这时候给电脑解负就很有必要了，以下是我电脑卡的时候经常使用的清理方法，亲测好用。 （最好在电脑刚开机时使用，不至于有些文件...
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R语言代码中的中文乱码和功能窗口下文件名乱码解决办法一、代码窗口下中文出现乱码问题，如下： 解决办法为：点击左上角file，选择Reopen with Encoding... 选择UTF-8，点击OK 然后就可以啦 二、功能窗...
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R报错ensembldb::filter requires an ‘EnsDb‘ object as input. 解决办法及MethylCIBERSORT包运行在我使用MethylCIBERSORT这个R包的时候，运行下面这个代码 出现了下面这样的报错： 然后我就复制报错内容，尝试找到解决办法，但网上没有针对这个报错的方法，我去了谷...
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可以的，你可以查看做完批次校正后找差异基因的回答
sva ComBat去除GEO数据批次效应
批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
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R提示ERROR: dependencies ‘caret’ are not available for package ‘XXX’ 和MethylCIBERSORT的R包安装
一、ERROR: dependencies ‘caret’, ‘glmnet’, ‘NMF’ are not available for package ‘MethylCIB...
