作者：白介素2相关阅读：R语言-multiROC packageR语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggfo...
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R语言pROC包绘制ROC曲线 -
2020-12-17水稻、小麦GO富集分析RNAseq常规做法是先筛选出差异表达基因，然后针对筛选出来的差异基因做GO富集分析。 1.水稻、小麦GO信息提取 在进行GO富集分析前首先要确定在你所使用的GO富集分析软件...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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R语言实现蛋白质相互作用网络——PPI可以用网页版做，但有上限2000个基因的限制。所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络 2. 下载Uniprot ID转换文件 打开...
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@zyp1997 嗯嗯，学习到了。我的处理就是把它们取平均值了，也不知道可不可行。谢谢！
在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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R语言批量爬取NCBI基因注释数据网络爬虫（web crawler），也叫网络蜘蛛（spider），是一种用来自动浏览万维网的网络机器人。其目的一般为编纂网络索引。各大搜索引擎都可以被看做爬虫，根据爬取的内容...
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【脚本搬运工】convert gbff to gff/fasta
写在前面从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一番搜索后得到如下perl脚本。...
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如果你的perl-bioperl是用conda安装,寻找conda路径下的RootI.pm文件
$find anaconda3/* -name "RootI.pm”
将找到的路径，选中到Bio的上一级（因为是Can't locate Bio/Root/RootI.pm i），再添加到环境变量PERL5LIB中即可【脚本搬运工】convert gbff to gff/fasta
写在前面从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一番搜索后得到如下perl脚本。...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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pandas 找出重复行并且取均值后合并
应用场景 选择铝一段时间的出厂价来进行比较，由于同一天可能有多家厂家给出报价，所以需要找出同一天有多家报价的情况，并且合并为一条数据，价格取各家价格的平均值。 publish...
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R语言-04数据查看一些方便的数据查看 01 像excel一样查看数据 02 查看字段的数据类型 03 查看字段维度 04 查看数据字段名，还可以显示列表对象各个元素的名字 05 查看数据大致的...
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作者您好，有个问题想请教一下您，使用getTPM.py成功提取到了gene_tpm_matrix.csv，在gene_id这一列，我删除掉了符号|及前面的字符，将留下来的字符作为基因名，但是这样下来就会有重复的基因名，不知道该如何处置，迫切需要您的解答，谢谢！！
在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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@jlyq617 好的 谢谢楼主！
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我们来简单介绍一下非常快捷好用的一个RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推荐的原因是其速度非常快，在我的Mac Pro就可以运行使用，而且其结果也比...
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请问楼主，使用kallisto进行定量时，输入的fastq文件需要是质控之后的吗？ 感谢！
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我们来简单介绍一下非常快捷好用的一个RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推荐的原因是其速度非常快，在我的Mac Pro就可以运行使用，而且其结果也比...
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RNA-seq从入门到自闭（Trimmomatic和Fastp）抱歉拖了这么久，主要是最后分析出来的数据跟某平台对比后发现差了很多。无法解释这个结果。用了几个软件测试，最后的结果都跟之前平台的Exp结果对不上。最后猜测可能还是这套数据有问...
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高效数据整理工具——dplyr（二）多数据框处理在高效数据整理工具——dplyr（一）中，简要介绍使用dplyr对但数据表的处理，在本节中将会学习如何使用dplyr对多数据表进行处理。主要函数有如下图所示。 1、数据框合并...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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楼主您好，跟着您的教程成功计算出了TPM! 但有个问题想请教一下，再利用htseq进行计数时，其中参数-t exon和-t gene 这两个该怎么选择呀？跟计算tpm时选择的基因长度有关系吗？ 望指教 谢谢！
基因长度并不是end-start
需求 tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把这部分逐渐加到课程里，我就必须要...
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计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已经简单学习了测序raw counts的FPKM标准化[https://www.jianshu.com/p/302300b7d782]，接下来就一个实际例子，利用R语言手...
