上个笔记中，进行了共生物种的确定，由于地下部位的转录组还有一部分reads没有比对上，可能是样品污染问题，也可能含有其他的物种，所以，想使用Trinity和为比对上的read...
IP属地：安徽
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使用本地nt数据库对reads和Trinity结果进行blast
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文献导读:真菌和陆栖藻类水平基因转移这篇文献于2014年12月30日发表在Organism Diversity & Evolution ,主要描述了在地衣中，地衣真菌可以向藻类捐赠基因,该文献对藻类进行测序，探...
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将转录组SRR数据组装为核酸FASTA文件的流程——个人学习记录
一、转录组SRA（Sequence Read Archive）数据组装FASTA文件流程: （1）下载SRR数据：使用SRA Toolkit中的prefetch和faster...
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教程 | 使用 CPGAVAS2 进行叶绿体基因组注释写在前面 前述，介绍了使用 GetOrganelle 软件进行植物叶绿体基因组组装。测试了下软件，130个样品，直接成环的有76个。手动调整了参数，除了 10 个左右的样品外...
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基于的ssr 遗传多样性分析NOTE 基于种群聚类,特有等位基因 基本概念 1 多态性条带 个人理解就是ssr引物1 在位点 扩增出的 a b 2个条带（2倍体），ab长度可能相同也可能不相同。如果a条...
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「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collin...
