前言 在绘图时，如何搭配颜色，是一个很让人头疼的问题。今天要介绍的包 ggsci 能大大减轻我们的负担。 ggsci 提供了很多高质量的颜色搭配，其灵感来自于各种 SCI 杂...
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R 数据可视化 —— ggsci 配色 -
ggplot2-根据group给横坐标排序目标：不受x轴变量名的影响，用group信息给横坐标进行排序 数据表：variable（样本名）；value（值，想画箱线图）；batch_melt（批次分类，即group）...
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conda环境报错： Solving environment: failed with initial frozen solve.
刷了机，安装好conda环境后conda又疯了。conda install -y samtools hisat2 bowtie2 bwa htseq bowtie报错开始 ...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化
这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题...
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【单细胞转录组】UPhyloplot2绘制肿瘤进化的系统发育树目的：绘制肿瘤进化的系统发育树 参考文章 【官网】https://github.com/harbourlab/UPhyloplot2[https://github.com/h...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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环境配置笔记10-Monocle3的安装
首先按照官网上的代码进行安装 在最后一步安装运行以上两行代码时出现了问题： 使用yum在CentOS7上运行： 仍然报错： yum没有找到对应依赖包，更新epel第三方软件库...
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太不容易了
环境配置笔记10-Monocle3的安装
首先按照官网上的代码进行安装 在最后一步安装运行以上两行代码时出现了问题： 使用yum在CentOS7上运行： 仍然报错： yum没有找到对应依赖包，更新epel第三方软件库...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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你好，请问load10X加载的数据是barcodes,genes,matrix这三个文件的文件夹吗，我运行load10X总是报错Error in full.data[[1]] : subscript out of bounds
用soupX对环境基因表达做估量和矫正
基于液滴的单细胞捕获方法通常其单细胞液滴也会捕获环境基因(ambient RNA)。环境基因的表达由于并不来自barcode细胞，会导致基因表达矩阵计数不准确，更会影响用标记...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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R语言pROC包绘制ROC曲线作者：白介素2相关阅读：R语言-multiROC packageR语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggfo...
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实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seura...
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monocle 2拟时序分析monocle做拟时序分析首先要构建CDS需要3个矩阵：expr.matrix、pd、fd，其次将Seurat中的对象转换为monocle识别的对象。然后选择想要做拟时序依据...
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单细胞数据挖掘(10a)-基于FPKM标准化的单细胞差异分析本笔记来源于B站@生信技能树-jimmy[https://space.bilibili.com/338686099]；学习视频链接: 「生信技能树」单细胞数据挖掘[https...
