Logs 增加R包pctax内的一些帮助上游分析的小脚本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚类的速度非常快，且随序列量线性增长（2024.03.12...
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宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 -
R绘制优美的进化树（进阶）上次已经介绍过了使用R绘制系统发育树的基本用法[https://www.jianshu.com/p/b6c4d3376bc9]，也埋下一个小坑：复现文章里好看的树，现在过来填...
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修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作热图使用conda安装hicexplorer时经常会报错，下面介绍mamba安装方法；同时，hicPlotMatrix绘制的热图没有添加染色体边界，并且图例太大，下面介绍了源代码...
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ggplot2定制坐标轴
本文主要介绍如何通过调整ggplot2中的参数，来实现坐标轴的定制化，来达到个性化绘图的需求。文中axis tick marks指的是坐标轴线上的刻度，axis labels...
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Linux查看或设置R/python/perl包、模块或库的安装路径
为了方便说明，下面统一将包、模块或库称之为模块。Linux通常涉及多用户使用，当我们没有root权限时，模块通常会安装在自己的目录下，或者一个用户想调用其他用户的模块时，都需...
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recos软件绘制不同类型TE在染色体的分布热图1、前期准备 第一步, 获取repeat注释结果，使用RepeatMasker对基因组进行repeat分析，可以得到以out结尾的文件，命令行如下： 第二步，获取关心TE类型...
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recos软件使用手册1. 开发背景 随着测序技术的不断发展，尤其是三代测序技术的出现，例如PacBio和Nanopore，它们可以产出更长、更准确的测序数据，这使得原本有基因组的物种使用新技术可...
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MAS-seq技术原理（PacBio)1. 技术产生背景 PacBio构建这种文库的一个主要原因是，在其测序芯片中有很多零模波导孔（ZMW），每个孔在测序时只能测一条DNA分子，这样其测序通量就受到孔数和文库长度...
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recos软件绘制突变密度在染色体上的分布图1. recos还可以这么玩 recos开发之初是为了展现同源染色体之间的共线性关系、序列结构差异和两个基因的各自特性，绘制出一个高质量可以放在文章中的图片。除了展示两个基因...