蛋白质互作网络（PPI） 蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号...
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简单了解蛋白质互作网络(PPI) -
RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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转录组趋势分析基本概念 表达趋势分析（Series Test of Cluster）：将变化特征模式相似的基因归类到一种变化趋势中，从而找到实验变化过程中最具有代表性的基因集以及对应的趋势...
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STEM软件分析基因表达模式最近有一批转录组数据，其实不是时间序列的数据，而是从低到高有4个梯度的Al浓度处理的数据，每个三个重复，共有12个数据，想着看一下4个梯度处理下基因表达的模式，使用了STEM...
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转录组中的基因表达模式聚类分析
欢迎关注”生信修炼手册”! 实验设计对于转录组数据的分析是非常重要的，对于常规的case/control实验设计，通过两组间的差异检验就可以得到不同条件下的差异基因；对于多组...
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基因共表达聚类分析及可视化
欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/11/gene-cluster/共表达基因的寻找是转录组分析的一个部分，样品多可以使用WGCNA...
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基因表达谱的SOM聚类分析识别功能基因集前不久小编接触了这样一个分析，给定基因表达矩阵后，通过自组织映射（Self-organizing map，SOM）技术识别其中的高表达基因集，以便和功能建立关联。 下文将该方...
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msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。msigdbr...
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R：FactoMineR做PCA本文摘自：R 语言主成分分析(PCA)实战教程[https://mp.weixin.qq.com/s/uQPCPh09XXQiz9Iau9p5Fg]方便个人学习和查阅 安装依...
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使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...
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pheatmap 相关性热图 基因表达量热图热图 热图概念：热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵，可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带直观地展现空间数据的相对大小。 热图在生物学中的应用：生物学中热图经常用于展...
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GSEA可以做什么
基因集富集分析GSEA（gene-set enrichment analysis）。这个操作并不难，主要就是准备符合GSEA要求的数据文件（本地的话4个），关于文件准备，可细...
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KEGG Module 数据库
具有相同功能的基因被归类到kegg orthology 中，每个KO 代表具体的一个功能。在生命活动中，往往需要多个功能单位共同发挥作用，比如多个蛋白质构成复合体来发挥调控作...
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小鼠基因集-GSKB--R进行GSEA富集分析1. 数据集介绍 由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各种...
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GO KEGG GSEA-ClusterProfilerlibrary(clusterProfiler) setwd("D:/Desktop/") a=read.table("universeGeneIDs.txt",header...
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零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图写在前面 约莫一个月前，不知为何，突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题。按照我个人的设想，TBtools的使用应该不会存在使用问题。从开放使用至今，几乎没有停止...
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R语言配色方案: Colors in R前言：巧妙的色彩搭配，能够绘制出更具审美价值的图片，令人耳目一新。本文主要讲解比较受欢迎的R包配色方案。 （一）：RColorBrewer 包 调色板有3种类型：连续型调色板...
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ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来
火山图（Volcano Plot）常用于展示基因表达差异的分布，横坐标常为Fold change（倍数），越偏离中心差异倍数越大；纵坐标为P value（P值），值越大差异越...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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R-clusterProfiler: GO/KEGG + 可视化常用的分析方法： 过表征分析 (over representation analysis, ORA) ：先找出差异基因，再对差异基因进行如GO/KEGG等富集 基因富集分析 ...
