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建库的代码,加上-parse_seqids提示 BLAST Database creation error: Near line 6001, the local id is ...
awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta
使用MEGAX构建系统发育树 先进行多序列比对,muscle, clustalW, 可参考文献选择一种 区别见:http://blog.sciencenet.cn/blog-...
策略 hmmsearch + blast 单独使用或者组合使用 hmmsearch可以做两次,第一次使用pfam中的多序列比对结果构建模型进行搜索,筛选过结构域后,使用本物种...
每个基因的外显子起始与结束的位置,保存为1.txt,注意需要打开1.txt编辑删除第一行的空行 计算每个外显子的大小 计算每个内含子的大小 统计每个基因外显子的数量
您好,我想请教下,根据gene.id,提取位置信息这一步,我已经从gff整理出了4列信息【id,chr,start,end】,根据您的代码,我尝试 awk -F'\t' position | grep -f id.txt | awk '{print $0}' > out,什么都没有。后又尝试使用grep -wf id.txt position.txt 以及 awk 'NR==FNR{a[$1]=$0}NR!=FNR{print a[$1]}' position.txt id.txt > out 以及awk -F'\t' 'FILENAME=="id.txt"{F[$0]=1}FILENAME=="position.txt"{if($0 in F){print}}' id.txt position.txt > out
都不可以……手动自己在文件里搜是可以搜到的,请问是哪里出错了?或者有没有别的办法呢,感谢
基因家族分析五(基因家族在染色体上的位置图)绘制基因家族咋染色体上的位置 一:准备文件 1.拟南芥NBS基因ID2.拟南芥gff文件3.拟南芥基因组长度4.在线绘图工具:MapGene2Chrom web v2(htt...
写在前面 前天,在学位论文的完善中,有两个疑似ERF成员始终令我困扰。植物转录因子中有个超家族AP2,包括两个亚家族,一个也叫AP2,另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结...
写在前面 TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能,其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced) 几乎覆盖了...
目的 合并几个txt文件,均为单列,均以SHH开头 解决 cmd打开命令行 进入放这些txt的文件夹 命令行输入 *是通配符,匹配所有以SHH开头的文件 该文件夹下就会生成t...
目的 如题 脚本 来源:https://blog.csdn.net/tangxc10/article/details/48833989?utm_medium=distribu...
说在前面:官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/index.php信息很全面,有示例代码/Manual手册,你值得拥有。以下内容基本出自官...
下载解压 网址: https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 选择预编译的linux版本 可以...
整个爬虫框架如图所示 报错 在 pycharm的terminal 输入 scrapy crawl zhiyouji KeyError: 'Spider not found:...
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