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TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也...
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免疫组库数据分析1-scRepertoire免疫组库基础知识见：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法[https://www.jianshu.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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单细胞SCENIC分析原理和流程介绍SCENIC官网：https://rawcdn.githack.com/aertslab/SCENIC/701cc7cc4ac762b91479b3bd2eaf5ad5661...
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单细胞量化代谢活性-scMetabolism一、scMetabolism的安装 scMetabolism是一个R包，用于在单细胞分辨率下量化代谢活性，目前只适用于物种是人的单细胞数据。作者推荐使用seurat的数据进行...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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肿瘤免疫相关网页工具/数据库
这份提纲是为了《医学信息学》这门课的期末presentation准备的。因为自己前期收藏了一些数据分析的网页工具，所以就顺手整理了一下，和大伙儿分享。挂一漏万，欢迎补充。 肿...
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使用scRepertoire包进行单细胞免疫组库数据分析简介 scRepertoire包是由华盛顿大学的Nick Borcherding博士开发，是一款针对10X V(D)J数据的免疫组库分析工具。它可以直接读取10X cellr...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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Error: Unknown graphics device ''
使用ggsave函数保存图片的时候，遇到了下面这个错误： 解决了之后，做个笔记帮大家解决问题。这个问题的原因就是我们用的存的图片名字没有带后缀，注意ggsave里面想要存的图...
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R在数据框中按照要求提取指定行
我们这里的用到的是R自带的数据集iris 1 指定值 2 grep gerp函数的使用如下：grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, per...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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相关性分析 相关系数多少有意义？在数据分析的问题中, 经常会遇见的一种问题就是相关的问题。 比如：抖音短视频的产品经理经常要来问留存（是否留下来）和观看时长, 收藏的次数, 转发的次数, 关注的抖音博主数等...
