感觉100年没有上简书，近2个月忙于毕业论文以及公众号推文，没有时间更文章。终于前几天交了论文呢，可以回来更文了。没错我只是在为我的懒惰寻找接口，今天我们来讲一下桑基图（Sa...
IP属地：重庆
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R数据可视化17:桑基图 -
R: ggtree (一) base导读 ggtree由R语言大神Y叔纸笔，于2018年发表在Molecular Biology and Evolution杂志上，现引用已达407（2019.10.10 goo...
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KEGG数据库：查找某个通路上的所有基因
1.kegg数据库下载 通常我们如果已知某个基因，想对这个基因做通路很简单，直接用kegg的网页注释就可以；如果想知道某个通路里相关的所有基因列表，要找全的话只能从数据库里调...
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从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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小鼠基因集-GSKB--R进行GSEA富集分析1. 数据集介绍 由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各种...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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蛋白质组学数据搜库及FDR的控制Part 1. 蛋白质组学中，谱图搜库是如何实现的？ 蛋白质组学中，各种软件对质谱得到的谱图进行搜库时通常是利用以下三种方法之一进行： 根据相关的质量信息获得部分或完整的肽序...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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GOplot 可视化基因富集分析结果GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果。 #1. 安装 #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录组数据 来自文章Nolan et a...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
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系统发育比较分析—R系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...
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R语言 | 网页数据爬取rvest包学习
从零开始学习rvest网络爬虫抓数据-Stone.Hou 大神 Hadley rvest in GitHub参考資料rvest + CSS Selector 网页数据抓取的最...
