1.核酸，基因，DNA，染色体，基因组，同源染色体，等位基因 核酸，基因，DNA，染色体 核酸：一种通常位于细胞核内的大型生物分子，主要负责生物体遗传信息的携带和传递。核酸有...
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基础知识 — Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,转录本,可变剪切,密码子,启动子,顺式调控元件,转录起始位点,终止子,转录因子,结构基因 -
DESeq2 PCA 的一些问题近日，做差异分析的时候，想着看一下样本本身的特征是以什么分类的，除了计算样本之间的距离，还用到的PCA（主成分分析）。在DESeq2包中专门由一个PCA分析的函数，即plot...
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SortMeRNA 去除rRNA
单端测序文件 for i in *IP*fastq; do ~/Software/sortmerna-2.1b/sortmerna --ref /home/zhou/Soft...
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2018-09-24 wes流程文件解读2
上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中call variant。一、使用GATK前须知事项： 对GATK的测试主要使用的是人类全...
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肿瘤外显子全流程notesPart0背景知识 Q：什么是外显子测序呢？A：外显子组测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组包含约1%的...
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gatk4 mutect2 分析somatic突变第一步：创建normal样品的PoN（Create a sites-only PoN with CreateSomaticPanelOfNormals） To create ...
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GATK-3.8(最新稳定版)遗传突变分析流程(SNPs和INDELs)GATK现在最新的稳定版已经到了3.8，测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的，但核心算法与4.0的差异不大，4.0主要整合GATK和picard工具并...
