前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
IP属地：北京
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA -
最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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回归分析 | R语言 -- 多元线性回归
多元线性回归 多元线性回归 是 简单线性回归[https://www.jianshu.com/p/f8b2a320a767] 的扩展，用于基于多个不同的预测变量（x）预测结果...
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「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
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用SeqinR包在NCBI获取基因组序列并分析
这里是网页版获取DNA序列，下载保存后可以用read.fasta打开##########################用SeqinR包获取序列并进行统计##########...
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序列比对后计算变异位点，有效位点，核苷酸多样性variable sites informative sites nucleotide diversity 信息位点的定义：在两个及以上分类单元（的序列）中存在差异，且其中至...
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读文章重复结果：使用DnaSp软件计算核苷酸多态性Pi(nucleotide diversity)
叶绿体基因组的文章中通常会有一小部分内容是运用DnaSp软件来进行核苷酸多态性π分析，断断续续看了也好长时间了，今天终于重复出了结果，简单记录自己的重复过程： 论文：comp...
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用以判断选择压力的Ka/Ks的计算前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
