本氏烟草在瞬时转化中的运用极为广泛，正好最近在做瞬转，记录一下。 本氏烟草基因组网站https://btiscience.org/our-research/research-...
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本氏烟草基因组网站及blast同源基因 -
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Mfuzz进行时序表达聚类分析（Mac）懒癌的我全靠Jimmy催着学习，4月份答应交这份作业的，离中间被催又过了一个多月，今天完成啦。 数据来源： 拟南芥RNA-seq转录组分析-salmon（Mac版）上游分析为...
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用gffread从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列
https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e[https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e]1...
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好用的小工具及数据库资料做富集分析的网页工具https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表输入就可以了, 如果基因的重要性有区别就勾选 "ordered q...
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SCAU课堂 | 「比较基因组分析」专用 Docker 镜像写在前面 没想到，上个选修课，准备示例数据和镜像上，竟然花了我三四天....主要原因还是，「网速太差」。搞七搞八，终于搞定。尽管整完之后，我其实担心学生拿到这个使用文档也不知...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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blast本地比对输出结果
之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。 比对命令 通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19...
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构建功能基因隐马可夫模型HMM遇到的问题：fungene上的氮循环基因narG.hmm数据太老 http://fungene.cme.msu.edu/ 如图共5条序列，一致的长度1227 如何自己建一个n...
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点点点，KEGG Pathway 通路富集分析写在前面 前段时间，推过两个教程，分别是：1.《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》 ...
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零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图写在前面 约莫一个月前，不知为何，突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题。按照我个人的设想，TBtools的使用应该不会存在使用问题。从开放使用至今，几乎没有停止...
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零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底...
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转座子分类软件deepTE简介
作者：May审稿：童蒙编辑：amethyst 前言 基因组转座子（TE）注释过程中，对于RepeatModeler这种denovo注释的得到的转座子往往不能进行分类，因此对T...
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WGCNA分析--提升转录组测序文章档次的利器现在做转录组测序，看看差异基因，做做富集分析，再讨论下差异基因功能与自己研究性状或处理之间的关系，最后加简单的qPCR验证，这样的数据发SCI影响因子越来越低了。必须增加新的...
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跟着大神学习WGCNA分析——WGCNA是干嘛的？致知 2019-10-06一起为你的基因找个朋友吧~ 上一次学习WGCNA还是7月份做小组作业的时候，本来想做WGCNA，但是当时各方面没有入门，理解不了这个是个啥东西，最后...
