The Module Score calculation is designed to refine the mean expression of a gene signat...
发简信
IP属地：安徽
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The calculation of modulescore in Seurat
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several facts of SCENIC
1. GENIE3对于输入的expression matrix，既可以是UMI counts，也可以是library-size normalized counts，两者的结果...
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The process of SCENICLast week we learned Transcription factor motif finding, also, recently I was using SCE...
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fastMNN and harmonyIn analyzing scRNA-seq data, batch effects are an influential source of variability. Th...
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TRUST4免疫组库分析
作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica 1.背景介绍 人体淋巴细胞主要包括T细胞、B细胞。B细胞约占外周淋巴细胞总数的20%，其主要功能是产生抗体介导体液免疫应...
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“bracketed paste” mode in shell
在shell中，我们粘贴多行代码的时候，shell大概率会把“换行”识别为“回车”并逐行运行，这会导致你没法粘贴多行的代码。这是因为shell很难知道你的输入是不是“粘贴”。...
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FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的区别
在seurat中，如果运行了RunUMAP或者RunTSNE后自动分群后，FindAllMarkers和FindMarkers基本就是一样的；如果没有进行RunUMAP或者R...
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2023-04-20 细胞器的marker需要对细胞器进行分离，查了一些资料，比较好看，贴上来。 1. Thermo 海报：细胞器标记物抗体和细胞染色剂[https://assets.thermofisher.cn/...
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如何获取kegg通路的基因列表
如何获取kegg通路的基因列表？相信很多人都有这个疑惑。 哪些时候需要知道通路的基因列表？举两个例子： 在找差异基因这一步，只想针对特定通路的基因去找。可以在找完差异基因后，...
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错误解决：Error: Failed to install 'SeuratWrappers' from local: Failed to connect to api.github.com ...
通过remotes::install_github函数安装github上的包时报错： 我尝试很久没法解决，选择手动下载zip包后上传至服务器，然后local安装，仍然报错： ...
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RNA velocity of single cells文献学习在之前的一个视频学习系列笔记里，有一篇笔记提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（八））...
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赶紧抢发双硫死亡生信SCI，一秒都不能迟
如果你2022年错过了铜死亡生信，不要灰心，2023年一样会给你带来新热点，这个热点就是双硫死亡（Disulfidptosis），Disulfidptosis是2023年新发...
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单细胞空间数据分析之CNV进化树作者，Evil Genius 时光荏苒，2022年也即将结束，这一年，单细胞空间多组学技术进一步带领我们走入生物组织的微观世界。单细胞多组学的技术发展让研究人员可以从单个细胞...
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单细胞注释-marker参考
A Guide to T Cell Markers[https://www.biocompare.com/Editorial-Articles/569888-A-Guide-...
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快速实现人和小鼠之间的同源基因转换
我们知道小鼠是一个研究很多的模式生物，有很多生物学研究，以及一些临床研究都是在小鼠上做的。那么小鼠里面研究的这个基因在人里面有没有，对应的具体又是一个什么基因，这是我们经常需...
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数据不正态分布如何办
在实际研究中，很多时候都需要数据满足正态分布才可以。比如说回归分析，其实做回归分析有一个前提条件即因变量需要满足正态分布性。也比如说方差分析，其有一个潜在的前提假定即因变量Y...
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那令人困惑的比对工具选择啊~
写在前面的废话 我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~ 刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是H...
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使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...