scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01 -
miloR分析-基于 KNN 图的细胞差异丰度分析方法
参考1、后续分析 https://mp.weixin.qq.com/s/0A9hiXqV1RfWz8UAnratAA[https://mp.weixin.qq.com/s/0...
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【生信实战】从马赛克到4K，极度震撼的Visium HD空间转录组近日10X终于发布了他们拥有亚细胞分辨率的空间转录组产品，并给出了一些列的测试数据。今天带大家进行一些基本的探索与实战 1 数据下载 这里笔者选择了10X给到的小鼠的脑组织进...
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单细胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc实现10x单细胞ATAC和单细胞RNA的上游分析。 为什么做单细胞ATAC分析单细胞转录组是单细胞技术中较为常用的方法，它分析的...
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nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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【单细胞】ggplot2美化monocle2轨迹展示结果前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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Monocle2拟时序报错：Error in orderCells: long vectors not supported yet
Error in orderCells: long vectors not supported yet 报错的具体信息： 这个报错的原因是细胞数量太多导致矩阵太大，在mono...
