简介 目前，单细胞技术发展迅速，单细胞转录组测序可以帮助我们获得组织中每个细胞的基因表达水平，但却无法获得对应空间位置上的信息。空间转录组技术（spatial trans...
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空间转录组去卷积分析工具介绍——CARD -
NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断第八节：拟时序细胞轨迹推断 在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它...
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记录运行scvelo过程中的报错TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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可能是最全的单细胞数据库汇总（2023更新版本）
Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder起因：最近有个问题样本，跑完cellranger，样本的cellranger结果如下，细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中，线粒体基因占比和双细胞率均很高，用scDb...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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NicheNet分析-1.顺一遍step_by_step的流程和CellphoneDB不同之处在于重点在受体下游基因\pathway激活情况来看配体的活性 NicheNet can predict which ligands from ...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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miloR分析-基于 KNN 图的细胞差异丰度分析方法
参考1、后续分析 https://mp.weixin.qq.com/s/0A9hiXqV1RfWz8UAnratAA[https://mp.weixin.qq.com/s/0...
