Barcode：标记细胞 UMI：标记基因 10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列，Barcode序列是用来标记细胞：在Barcode与细胞融合形成水凝珠之后，可以保...
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单细胞测序barcode和umi
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【画图】pheatmap多图组合1. 解决问题 在进行多图绘制的时候，用cowplot::plot_grid函数进行多图组合，结果在多图组合的时候，别的ggplot画图的对象没有任何问题，但是pheat...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？
背景知识 随着高通量测序方法的出现，大量DNA序列可以应用于SNP的发现。这些数据中SNP的识别依赖于计算方法。它们取决于您是否对种系或体细胞突变感兴趣。往往它们通常将序列与...
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2022-10-10 samtools分析测序基因组的depth和coverage
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候不太好区分，有时coverage也表示测序深度x. 我们用s...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？1.常用HiC挂载软件 ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。提了issue，张老师...
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生信 | 基因组组装实战（六）：基因组质量、一致性、保守性、LAI等评估写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组组装指标评估 为什么...
