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测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制这是ggplot2可视化专题的第一个实例操作 ggplot2的基本思路见前文总论：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体策略...
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windows上Rstudio用不同conda环境的R
我终于在自己win10电脑上装上了rstudio(1年多过去了)，然后想用conda给不同项目分别建立环境。我下载了anaconda安装后建立多个环境且设置了R版本，再打...
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科研绘图-推荐三个R语言绘图网站
三个R语言绘图网站 大家都知道，平时使用R语言绘图的时候，最麻烦的一点就是需要记代码，虽然说RStudio有代码提示功能，但有的时候，还是记不住。因此收藏一些常见的R语言绘图...
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[数据库]CMAP干扰转录组数据库cmap(Connective Map)数据库简单来说就干了一件事：对经过不同类型试剂(小分子化合物为主)处理的细胞系进行转录组层面的测序，分析这些试剂所造成的相对于正常细胞...
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基因型数据与1000G merge后做PCA看人群分布
写在前面，对于生信新手来说，不熟悉代码的基础，总是空中楼阁一般，想搜一条代码、做一些适合自己数据的运算更是难上加难，踩过的坑总要填，为了新手们不要像我一样浪费时间在这苦恼的代...
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2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
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使用R包ggcorrplot可视化相关矩阵在R中可视化相关矩阵(correlation matrix)的最简单方法是使用corrplot包。另一种方法是在ggally包中使用函数ggcorr()。 但是，ggally...
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多组学分析及可视化R包最近打算开始写一个多组学（包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组）关联分析的R包，避免重复造轮子，在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具，部分罗列如下： 1. ...
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
