samtools用conda 刚安好是可用的，但是装了其他一些软件后就有可能报错 解决方案： 原理 这个问题在github issue中很多人提到，samtools开发者说这...
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【已解决】samtools报错error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0
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linux中文件取交、并、差集
假如有这么两个文件test1和test2： 单纯的两个文件取交并差集，可以用awk或者comm等实现，但是有更简单的方法。 取交集： uniq -d是指输出重复行。 取并集：...
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用blast进行短序列（20nt左右）的搜索
一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。 这段时间用blastn比较多，所以遇到这个问题...
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充电课-顺式作用元件分析（基础知识及预测）
概念： 顺式作用元件(cis-acting element)是存在于基因旁侧序列中，能影响基因表达的一段DNA序列，它们的作用是参与基因表达的调控；顺式作用元件本身不编码任何...
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【生信技能树】R语言练习题 - 中级首先友情宣传生信技能树 全国巡讲:R基础，Linux基础和RNA-seq实战演练 : 预告：12月28-30长沙站 广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班 题目来源：http:/...
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2019-12-19用ggplot2绘制箱线图和条形图 有如下一个表达矩阵，想画一个箱线图，看一下在不同条件下，基因表达的离散情况。 genesconditionAconditionBcondi...
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水稻GO和KEGG分析首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。 水稻GO分析的网站很多（这里不...
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如何将核酸序列转化为蛋白氨基酸序列（web tools篇）在我们的工作中，常常会有将一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻译成氨基酸序列的需求。如果编程基础过硬的话，自己写个代码翻译三联密码子，正义链和反义链各三个移码阅读框。...
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如何对某参考基因组的各条染色体生成相同的bin区间，以bed格式储存结果
有个师弟说他想要将对某参考基因组的各条染色体生成相同的bin区间，以bed格式储存结果。 希望根据参考序列进行操作，输出的结果为以fasta格式储存结果： （Bed格式是一种...
