首先介绍fastq的格式和fasta的格式： fastq是测序所得的文件，其内部含有对每一个碱基进行质量评估的值： 第一行：测序的index；第二行：该index下测出的序列...
IP属地：广西
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Perl语言---批量将fastq格式转换为fasta格式 -
如何快速下载NCBI上的各个物种参考基因组我们用普通的浏览器的方法下载非常慢： 此时下载速度非常慢，而且很容易下载中断，报错。 那怎么快速下载呢？ 我们只需要进入NCBI的FTP： 我们只需要复制链接地址到迅雷等专业...
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批量下载文献的参考文献
1、复制参考文献信息，每条参考文献单独列一段。 2、借助citation-finder网站（http://git.macropus.org/citation-finder/[...
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Awk的一般功能2---Read数的筛除Awk作为linux内置的文本数据处理工具，具有简单迅速的特点，在处理上万行数据时，其相对于EXCEL具有优势突出，因此我们在转录组数据分析的最后一步，将Read count...
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如何保证发表SCI文章中的图片分辨率？一、在进行组学测序以后，公司会将分析后的数据的表格以及对应的图片如火山图、热图、维恩图以及因子图等打包发给你，如这样： 二、然而当你发表文章的时候，杂志社针对图片又给了你这样...
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生活中的一些小发现1-键盘打字不知道大家打字的时候有没有遇到过右手明显没有左手灵活的情况 特别是在键入键盘符号那一部分内容的时候，输入用的右手很容易脱离标准输入手型而转为“二指禅”。 其实出现这方面问题主...
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不好意思，事物繁忙，已将label free的全部参数文件.xml上传并分享。
蛋白组分析---用Maxquant探明一线工作者在干什么？
蛋白组：大批量的对样本中的蛋白质进行定量分析。 一、原理： 1. 目标蛋白样本： 1.1. 蛋白水解 将蛋白样本用蛋白酶进行水解，生成肽段混合物。 1.2. 离子破碎 肽段混...
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@梓_f473 请到软件官网，查看软件说明，下机后符合软件的loading file应该都可以用吧，这个我真不知道。
蛋白组分析---用Maxquant探明一线工作者在干什么？
蛋白组：大批量的对样本中的蛋白质进行定量分析。 一、原理： 1. 目标蛋白样本： 1.1. 蛋白水解 将蛋白样本用蛋白酶进行水解，生成肽段混合物。 1.2. 离子破碎 肽段混...
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你是指提交以后的.sh文件会报错，运行不下去吗？那大概率是你还不熟悉软件命令和参数，你写在.sh文件中的软件的命令和参数不对，注意空格、-以及各种细节。
1、你可以新建一个.sh文件，这个文件共5行，编辑成：
#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64
print “hello world\n”
2、使用命令sbatch test.sh提交。
3、使用命令tail -f slurm-xxx.out查看slurm-xxx.out文件中是否有hello world出现，如果有，那么证明你提交作业的方式没问题
4、如果你将软件的命令替换了print “hello world\n”而运行不下去的话，则说明你软件的命令和参数输入有问题
PS：
1、这里你要注意你用的超算的作业管理系统是否和我写的一样，不同的作业管理系统的命令也不一样，不正确的提交方式，会报错。当验证完你的作业提交方式没问题后；
2、你可以先在你自己的电脑上安装一个linux虚拟机，在虚拟机中安装自己使用的软件，验证软件的命令是否正确，然后再在超算上运行。linux常规操作简明手册(基于北京超级云计算中心)
1. 查看Linux内核版本命令： 2. 查看Linux系统版本的命令 3. 新建文件和新建文件夹、移动文件、打开目录 4. 查看文件夹 5. 删除文件夹、文件以及md5值检...
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关于数据为什么取log作图？这里给出三张图可以直观的看出： 1. 不做处理 **2. 进行log2(FPKM+1) ** 无论是取log还是+1都是为了作图方便，更好的表示数据内容。
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Linux工具之awk的一般功能awk对于我来说强大的功能在于：当处理超过5万行的EXCEL数据，Windows频繁卡死的情况下，在基于linux上的awk处理只需要两秒。它可以跨越一些EXCEL的短板，鉴...
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perl语言---从参考蛋白库中提取指定序列需求： PS：绿色部分为蛋白的名称等信息，后面的黑色部分为对应序列 我想把其中的某个蛋白信息连同它的序列提取出来，变成这样： 我想要的蛋白序列 这里介绍两种方法： 第一个方法...
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@Cheung_b9ae 「mqpar.xml」https://www.aliyundrive.com/s/J2vb15Xat9a 提取码: ez04
蛋白组分析---用Maxquant探明一线工作者在干什么？
蛋白组：大批量的对样本中的蛋白质进行定量分析。 一、原理： 1. 目标蛋白样本： 1.1. 蛋白水解 将蛋白样本用蛋白酶进行水解，生成肽段混合物。 1.2. 离子破碎 肽段混...
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蛋白组分析---用Persues进行后续分析1. 上文中，我们用Maxquant软件分析了.raw数据，最终得到了个txt命名的文件，长这样： 2. 接下来，我们下载并打开Persues软件： 3. 我们导入刚刚的文件...
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蛋白组分析---用Maxquant探明一线工作者在干什么？蛋白组：大批量的对样本中的蛋白质进行定量分析。 一、原理： 1. 目标蛋白样本： 1.1. 蛋白水解 将蛋白样本用蛋白酶进行水解，生成肽段混合物。 1.2. 离子破碎 肽段混...
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MaxQuant的Linux试运行
前言 MaxQuant免费不开源，相对其他各大厂商垄断的软件来说，实在是良心软件，尤其对labelfree数据准确性和蛋白鉴定数都有较好的优势。缺点也是很明显，Linux不友...
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关于组学分析中的各种P值的一些见解说起P值，我们首先需要知道： 一. 什么检验方法能得到P值？ 各种检验方法如：方差分析、卡方分布、t检验以及Z检验等 二. 检验方法是用来干什么的？ 假设检验是用来判断样本与...
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全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...
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linux常规操作简明手册(基于北京超级云计算中心)1. 查看Linux内核版本命令： 2. 查看Linux系统版本的命令 3. 新建文件和新建文件夹、移动文件、打开目录 4. 查看文件夹 5. 删除文件夹、文件以及md5值检...
