引言 本系列讲解 使用 Scanpy 分析单细胞（scRNA-seq）数据 教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutori...
发简信
IP属地：上海
-
单细胞分析: Scanpy 核心绘图 (2) -
利用 Hi-C 挖掘癌症结构变异 (1)
摘要 结构变异（SVs）是大型基因组重排，由于基因组重复序列和复杂 SV 结构等各种混淆因素的存在，当前使用短读长测序技术进行识别颇具挑战。Hi-C breakfinder ...
-
三维基因组：diffHic 差异分析
diffHic diffHic是一款 R 包，几乎包含了 Hi-C 数据分析的全部流程。它从对原始数据（. fastq 格式）进行比对开始，接着进行过滤、分箱、标准化，然后运...
-
三维基因组：Loop结构 差异分析(2)
通过聚合峰分析进行可视化 既然已经找出了“WT”和“FS”条件之间的差异loop结构，就可以利用聚合峰分析（APA）来直观地展示loop结构调用的质量。APA 是一种以 Hi...
-
ingest和BBKNN进行单细胞整合（1）
引言 本系列讲解 使用Scanpy分析单细胞（scRNA-seq）数据教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials...
-
三维基因组：Loop结构 差异分析(1)
引言 本文展示了如何利用 hictoolsr、DESeq2 和 plotgardener 包来寻找和可视化两种生物条件下差异loop结构的流程。首先，需要对原始数据进行预处理...
-
7种比较Linux中文本文件的最佳工具
引言 在 Linux 系统管理与开发领域，比较文件是更新配置文件、审查代码更改或排查问题时的一项重要任务。掌握比较两个文本文件并快速找出差异的技能，可以为你节省时间，避免因错...
-
CUT&Tag 分析教程 | 完结撒花
引言 本系列讲解 CUT&Tag 数据处理和分析教程 教程[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#VIII_Diffe...
-
Linux: 检测磁盘坏块 你得会吧！
引言 什么是坏扇区/坏块？它指的是磁盘驱动器或闪存上某个区域无法进行读写操作，通常是由于磁盘表面有永久性物理损伤或者闪存晶体管出现故障。 坏扇区越来越多的话，会对存储设备的性...
-
单细胞RNA速率分析: scVelo入门教程
引言 本系列讲解 单细胞（scRNA-seq）中RNA“速率”分析 教程[https://scvelo.readthedocs.io/en/stable/about.html...
-
CUT&Tag 数据处理和分析教程（5）引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 将开展全新的CUT&Tag 数据处理和分析专栏。想要获取更多教程...
-
三维基因组: SELFISH 差异分析
引言 本系列主要讲解 3D-Genome (Hi-C) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检测，差异分析等...
-
如何在Ubuntu上安装TensorFlow 24.04
简介 Tensorflow是由Google开发的一个强大的开源库，用于机器学习和深度学习任务，研究人员，开发人员和数据科学家广泛使用，以构建和培训机器学习模型。 如果您使用的...
-
R中单细胞RNA-seq分析教程 (14)
引言 本系列开启 R 中scRNA-seq数据分析教程[https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette]，持续更新...
-
Linux|Transfer.sh 轻松实现文件共享
引言 Transfer.txt 是一款简单、便捷且高效的命令行文件共享服务。它支持最多 10GB 的文件上传，文件会免费存储 14 天。 该服务不仅允许无限次下载，还支持加密...
-
Linux 将所有文件和目录名重命名为小写
引言 在我们之前的文章里，我们已经讲过怎么去数一个目录里文件和子目录的总数。这篇指南会教你在 Linux 系统里，把所有文件和目录的名字改成小写字母。 做到这件事有好几种方法...
-
CUT&Tag 数据处理和分析教程（4）引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 将开展全新的CUT&Tag 数据处理和分析专栏。想要获取更多教程...
-
R中单细胞RNA-seq分析教程 (9)
引言 本系列开启 R 中单细胞RNA-seq数据分析教程[https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette]，持续更...
-
使用 pipx 安装并执行 Python 应用程序 (1)
引言 将Python编写的桌面和命令行程序发布到PyPI是一个简单直接的分发方式，PyPI上存放着成千上万的第三方程序包。这些程序包里很多都带有可以直接运行的脚本，但要使用它...