使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featureCounts(count计数), DESeq2(差异分析)...
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RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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整合QC质控结果的利器——MultiQC一、MultiQC介绍 NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。不少生...
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MCScanX安装与使用 (2022)为什么要写这篇文章：最近因为需要用到MCScanX画两个物种的共线性点图，但是发现搜到的blog中所提供的安装方法都不太相同，且在都会出现或多或少的问题，另外搜到的所有blo...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
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orthofinder分析泛基因组及可视化数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一个基因的同源基因组的样本来源信...
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利用TransDecoder提取转录本CDS、UTR序列
前言：在对miRNA进行靶标预测分析时，需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主，这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
