scDIOR 是一个用于在 R 与 Python 之间进行单细胞数据转换的工具。这个工具主要由两个部分组成：一个是 R 的包 dior，另一个是 Python 的库 diop...
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使用scDIOR实现R与Python之间的单细胞数据转换 -
全网首发，用于单细胞ATAC分析的Socrates包Socrates是一款用于分析snATAC数据的R语言包，但是该包发表后并没有引起多大水花，最直观的就是，Github上该包的Issues只有10条，其中两条还是本人最近贡献...
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HiCUP安装时遇到的陈年老BUGPS：本人今年4月份就安装了HiCUP，但由于运行时一直有问题，直到9月份才解决了这个bug。 HiCUP的安装非常简单，只需要从官网下载安装包，解压后赋予执行权限即可 官网...
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无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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seurat对象处理Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。seurat对象的处理是分析的一个难点，这里我根据我自己的理解整理了下常用的seurat对象处理的一些操作，有不足或者错误的地方希望...
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Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合简介 对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是，在标准工作流下，识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。Seurat v4 包括...
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## lncRNA分析完全指北
Step1：链特异性比对并组装转录本 用HISAT2对每个样本进行链特异性比对，随后利用StringTie对每个样本的转录本进行单独组装 Step2：过滤lncRNA 将所有...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
