本教程基于银白杨顶芽单细胞测序数据，聚焦 CYC 和 CDK 基因家族参与叶片发育的分子机制，适配有少量生信基础（了解 Linux 基本操作、R 语言入门）的读者。教程共4节...
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植物单细胞RNA-seq分析教程5-2025年版 -
植物单细胞RNA-seq分析教程4-2025年版第 3 节：细胞类型注释与差异基因分析 3.1 细胞类型注释（基于标记基因） 请走b站的链接，这个平台不太行，我在此只更新到单细胞，往后的教程就不再此更新了。 ``` htt...
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植物单细胞RNA-seq分析教程3-2025年版本教程基于银白杨顶芽单细胞测序数据，聚焦 CYC 和 CDK 基因家族参与叶片发育的分子机制，适配有少量生信基础（了解 Linux 基本操作、R 语言入门）的读者。教程共4节...
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植物单细胞RNA-seq分析教程2-2025年版本教程基于银白杨顶芽单细胞测序数据，聚焦 CYC 和 CDK 基因家族参与叶片发育的分子机制，适配有少量生信基础（了解 Linux 基本操作、R 语言入门）的读者。教程共4节...
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植物单细胞RNA-seq分析教程1-2025年版
在2025年3月我发表了我的杨树顶芽的单细胞RNA-seq（single cell RNA-sequencing, scRNA-seq）分析文章“Frontiers | Si...
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植物单细胞RNA-seq分析教程1-2025年版在2025年3月我发表了我的杨树顶芽的单细胞RNA-seq（single cell RNA-sequencing, scRNA-seq）分析文章“Frontiers | Si...
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Prism和SPSS的显著性分析使用prism计算显著性，并绘制柱形图： 示例：有4组数据，每组都有4个样本，这种单变量的多组数据之间的比较适用One way ANOVA检验。若是双变量的多组数据则适用于T...
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有参转录组实战11-上传转录组到NCBI登录NCBI>点击submit>选SRA>选Project>点New submission 1 SUBMITTER 填写名字，邮件，no group，学校学院，街道邮编国家，...
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有参转录组实战10-差异基因KEGG富集分析##########下面做KEGG########emapper <- read.delim("out.emapper.annotations")emapper[emappe...
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有参转录组实战9-差异基因GO富集分析#这里需要对非模式物种制作ORG.DB包，如果是模式物种，“https://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#...
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有参转录组实战8-基因功能注释_GO_KEGG_swissprot_pfam_TFDB_iTAK#进行功能注释时，我们只用到蛋白文件，就是上一期提取序列的文件“Ptri.protein.fa”。 #使用命令“grep -c ">" Ptri.protein.fa”统计下...
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有参转录组实战7-基因序列提取#本教程仿自于“https://zhuanlan.zhihu.com/p/439168788”。#正则表达式教程https://www.runoob.com/regexp/r...
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有参转录组实战6-差异基因绘制火山图#本教程仿自于B站的15天入门生物信息视频，若有疑惑请以视频为准。若侵请联。 #上一个教程我们得到了genes.counts.matrix.OE_vs_WT.DESeq2.D...
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有参转录组实战5-差异基因分析#本教程仿自于B站的15天入门生物信息视频，若有疑惑请以视频为准。若侵请联系删除。 #新开个文件夹，DE，把gene.count.matrix文件丢进里面，编写分组文件gro...
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有参转录组实战4-可变剪接分析#以下教程主要参考 https://www.jianshu.com/p/804ec7cf7cc2https://www.jianshu.com/p/b5413ccffe2bh...
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有参转录组实战3-计算readcount和TPM表达量#本教程部分文件，来源B站15天入门生物信息教程 “https://www.bilibili.com/video/BV1K44y1B7Dg/?spm_id_from=333....
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有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_00...
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有参转录组实战1-批量质控-fastp#本教程部分参考B站15天入门生物信息教程，在开启以下教程前，请务必看看我前面两个教程，Linux系统上安装R语言（https://www.bilibili.com/read...
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或者使用for循环：
for i in {1..6};
do ascp -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fastp.srsa.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR229/05${i}/SRR2295465${i}/SRR2295465${i}_1.fastq.gz;
done;Linux系统上安装aspera并用其批量高速下载转录组数据
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据，现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功，...