发简信
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Nature Genetic | 番茄超级泛基因组的多样性和结构变异引言 在2023年4月6日，Nature Genetics发表了一篇题目为“Super-pangenome analyses highlight genomic divers...
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那就把superScaffold当作染色体分析，就是原本第一列是染色体编号，你第一列放superScaffold编号就行
用TBtools做物种内共线性分析（仅步骤）
主要是参考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我们拿到的是以下的材料 1. Blast比对 根据以下选...
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任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的...
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bowtie2比对参考基因组（待续...）
准备文件 物种A参考基因组，以及测序文件.fastq 测序文件质控 这里用trim_galore，为什么用trim_galore，因为它可以自动检测接头，并且不只是illum...
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遇到command not found: shopt
遇到问题第一时间百度，发现是因为装了conda的原因，所以修改~/.bashrc中环境变量会出问题解决办法如下： 配置完毕，解决问题
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安装miniconda
首先去清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/找到最新版本然后 然后一直ENTERN，或者输入...
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用ClustalW进行多序列比对，IQ-tree构建进化树一、ClustalW进行多序列比对 ClustalW是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反映序列之间两两关系。然后根据距离矩阵计算产生的系统进化树，对关系...
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生物信息学的学习笔记
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用TBtools做物种内共线性分析（仅步骤）主要是参考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我们拿到的是以下的材料 1. Blast比对 根据以下选...
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Python3 提取CDS根据物种基因组和注释文件，可以编写脚本，提取特殊的序列结构，完成个性化的分析。本文利用Python3提取拟南芥的最长编码序列，并转化为氨基酸序列输出到文件中。 基因结构 参考...
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Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测...
