@246c59066361 只能用star
teprof2转录组数据鉴定转座子融合嵌合转录本参考资料 转座因子（TE）是丰富的遗传学资源，其中包含着大量的调控序列。在TE内部存在着潜在的隐性调控元件，在生理和病理中这些元件可以被表观遗传学机制重新激活，从而影响疾病的...
IP属地：上海
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@你聽得到 R语言代码自己写的
绘制scenic的转录因子调控网络图
其实我想画这张图，是scenic分析后转录因子的调控图。 出自健明大佬分享的教程 我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。回去找了教程，看到ceRNA调控网络和这个图...
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@你聽得到 单细胞Seurat分析细胞间的差异分析
Cytoscape可视化单细胞SCENIC结果：不同细胞类型上下调转录因子网络图
运行SCENIC参考文献[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape视频教程[https://mp...
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LightGBM算法 & XGBoost算法对比分析
官方文档https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/index.html（微软开源） 参考文档：机器学习算法之LightGBMhttp...
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单一验证、k折交叉验证（特例：留一法（LOOCV））、交叉验证确定最优超参数一、单一验证 1、单一训练集和测试集 最简单的样本集划分就是只有训练集和测试集，而没有验证集，因此无法利用验证集反过来对模型参数进行调整。只能先给定一组超参数C，然后训练得到...
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ggplot2的主题设置
ggplot2画图的时候有几个默认主题，画图的时候我们可以自己挑选一个喜欢的内置主题，也可以自己设置。其中内置主题有以下几个，我们用iris数据集看一下效果： theme_b...
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细胞通讯-iTALK使用方法作者：ahworld链接：细胞通讯-iTALK使用方法来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 什么是细胞通讯？ 多细胞生物由不同类型的...
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Cytoscape可视化单细胞SCENIC结果：不同细胞类型上下调转录因子网络图运行SCENIC参考文献[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape视频教程[https://mp...
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单细胞差异基因EnrichmentMap使用教程参考文献[https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9]EnrichmentMap分析有助于研究人员获得从基因组规模产生...
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用R画Circular barplot图（环状柱形图）参考文章：可视化之circular barplot 之前利用WGCNA分析得到了一组感兴趣的基因（WGCNA学习笔记），然后又用cytoscape软件得到一个表，里面有每一个...
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【Cytoscape网络图绘制】摸索入门篇这个软件就是为了绘制网络关系图，圈图等等酷炫的图片，例如这样： Cytoscape官网 一、配置环境和安装 安装Java 11 Java 11下载地址 无脑点击安装，我这里手...
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scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
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nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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teprof2转录组数据鉴定转座子融合嵌合转录本参考资料 转座因子（TE）是丰富的遗传学资源，其中包含着大量的调控序列。在TE内部存在着潜在的隐性调控元件，在生理和病理中这些元件可以被表观遗传学机制重新激活，从而影响疾病的...
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samtools view 使用小结整理高通量测序中使用的软件。 samtools是常用的对sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以实现查看序列、sam-bam文件转换、过滤序列等功...
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Chrome浏览器插件的写法
1. 什么是Chrome插件 Chrome插件是一个用Web技术开发、用来增强浏览器功能的软件，它其实就是一个由HTML、CSS、JS、图片等资源组成的一个.crx[http...
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PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释
PePr相关内容: 文章连接:NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2489...
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
