这是一个新的系列,关于signac分析scATAC数据,我们从上游开始。我们之前在介绍ArchR的时候,介绍过cellranger-atac分析...
Metacell或者中文直接翻译叫元细胞大家相比都听过。简单点说就是cell合并,将相似的细胞合并。为什么说这个,主要是为了compass单细胞...
如题,这个标题有点长,首先我们需要展示的图是bipartite plot,中文有叫二分图、连线图的,总之就是展示两组之间网络关系。可以应用的地方...
复现一篇Nature medicine的火山图,如下: (reference:Sex-dependent APOE4 neutrophil–mi...
接上一节(【视频教程】Cellphonedb v5更新:python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯[http://mp.weix...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进...
参考:https://mp.weixin.qq.com/s/x4HOHNwikvuTCRK4kQRjRA?token=971255988&lan...
这是一个集成的函数,很多小伙伴被一些美图”迷了眼“,需要这样、那样的形式。单独做又很麻烦,且容易出错。要求既要这样展示,又要那样展示。所以我们直...
这种nature\Cell都在用的富集结果展示形式: (reference:【1】Chen et al., 2020, Cell 182, 22...