我们之前在python中1:1复刻R版火山图之后（【1:1复刻R版】python版火山图函数一键出图），群里小伙伴希望使用python复刻之前cell文章的多组差异基因火山图...
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【1:1复刻Cell】python版单细胞多组差异基因火山图可视化函数 -
【视频教程】cNMF（Consensus NMF）：基于python的单细胞转录组数据非负矩阵分解分析R版本的NMF分析中，我们介绍了相关概念，可查看（（视频教程）NMF: 单细胞非负矩阵分解R语言版-数据降维及MetaProgram分析）。但是R语言版本有一个严重缺陷就是太...
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你有这么大的样本吗？---学习张泽民院士Cell文章分析思路之单细胞丰度NMF分析2025-08-10起源是我们微信群里的小伙伴发了一张热图，需要让我复现，是一篇Cancer cell的文章，因为我们写过很多热图，所以对这个图无感，原因是看似复杂，可了解complexheat...
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Circular Plot系列(六)：【视频教程】复现SCI图表之环形图展示分组celltype基因表达circle plot精彩系列： Circular Plot系列(一): 环形热图绘制Circular Plot系列(二): 学习nature子刊图表-环形图展示临床samp...
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玩转单细胞(21)：复现Nature图表---单细胞亚群无监督层次聚类分析及环形树状图绘制玩转单细胞往期精彩系列： 玩转单细胞(1)---提取特定基因表达的细胞群分析（一个小问题）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
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【视频-python一键函数】：热图标注特定基因及不同颜色设置展示marker基因虽然scanpy有展示marker基因的热图函数（scanpy单细胞转录组python教程（五）：最详尽的基础可视化解析），但是有很明显的缺陷，就是不能label特定基因。为...
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milo-基于KNN的差异丰度分析（python版miloR）之前我们推出过单细胞差异丰度分析的R包miloR（miloR：单细胞差异丰度分析）。这个方法也有python版的实现，github官网: https://github.com...
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【奇技淫巧】：单细胞monocle2结果添加类似RNA velocity 的箭头指示拟时方向这是一篇修饰作图的内容，算是“奇技淫巧”，有一定的用处。小伙伴的脑洞和需求真的是无奇不有，是这样的，小伙伴没有跑速率（如果有了RNA 速率结果，这个修饰也不需要了），想使用类...
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顶级精致CNS图表：单细胞marker基因表达气泡图复现SCI精致图表，单细胞marker基因表达气泡图。图的特点是左侧是cluster+celltype注释，顶部是基因注释，同时图有背景色。我们直接从seurat Dotpl...
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复现cancer cell图表：【函数】Edge bunding可视化cellchat及cellphonedb细胞互作结果关于细胞互作可视化，我们的内容已经很多了，小伙伴依然有其他中意的内容，这里复现一篇cancer cell图表，使用Edge bunding plot展示互作结果，ligand...
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Circular Plot系列(五): circle plot展示单细胞互作这是我们circle系列的最后一节，我想常见的弦图是绕不开的，所以最后从前面介绍的circle plot思路，做一遍弦图。其实前面的内容如果消化了，plot互作弦图也就不成什...
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Circular Plot系列(三)：【视频教程】复现NCS图表之高大上的单细胞UMAP环形图高端复杂的UMAP复现： 这又是一个高大上且炫酷的单细胞UMAP图，展示的信息很多，有大类细胞和亚群，以及marker基因和cell count信息，还可以增加其他的分组信息...
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Circular Plot系列(一): 环形热图绘制针对近期多个粉丝咨询环形图的绘制，我意识到，我们似乎没有真正介绍过circle图，但这一类图确是非常常用的图，所以这里详细学习一下circle的绘制，使用的是circlize...
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学习NC文章:单细胞亚群相关性及三角热图绘制热图我们做过很多，参照公众号热图系列，这里介绍三角热图的绘制，演示corrplot的参数设置。为了让演示有意义，这里的热图数据使用单细胞亚群相关分析数据演示，之前我们简单介绍...
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复现Nature图表：学习nature代码之聚类树+基因表达气泡图这里我们要复现和学习的是一篇nature文章的图表，这篇文章提供了figure的代码以及数据，我们要复现的是Figure1b。图很简单，就是两部分组成，左边是聚类树，cell...
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单细胞Seurat分析基本可视化实现python版Scanpy风格这个问题我们之前提到过，很多小伙伴可能看到某些文章中这样的可视化，很感兴趣，其实熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出图，虽然R也能实现这样的效果，但是自...
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视频教程）NMF: 单细胞非负矩阵分解R语言版-数据降维及MetaProgram分析NMF：非负矩阵分解，大家应该不会陌生，大家或多或少的听说过，我们之前介绍一个R包geneNMF（GeneNMF: 基于NMF（非负矩阵分解）的基因程序识别及可视化）替代NM...
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单细胞基因热图多重注释函数-可标记基因及添加富集分析结果在写NMF帖子的时候，需要plot基因热图，参考：（高分SCI单细胞图表：多层注释热图函数[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
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Hotspot分析(1)：单细胞转录组识别信息基因（和基因模块）这一期我们介绍一个常见的，高分文章引用很高的一个单细胞转录组分析工具Hotspot，它可针对单细胞转录组数据识别有意义基因或者基因module，类似于聚类模块。所谓的”inf...
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GeneNMF: 基于NMF（非负矩阵分解）的基因程序识别及高级可视化Non-negative matrix factorization（NMF）非负矩阵分解是一种popular的矩阵分解方法，它允许从一组非负数据向量中提取稀疏和有意义的特征。...