大佬把空转的Seurat对象转成Scanpy的Anndata对象我还是没找到相应的方法，能指点一下吗，说个包名就行
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
发简信
IP属地：重庆
-
-
太厉害了，跟你一样试过那些软件全都报错，目前还有个小问题就是，我的空转是多个样本整合的数据，如果用这个代码进行重构之后好像就区分不了不同的切片了，请问这个有办法改进吗
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
-
按照这个方法还是报相同的错误，请问这是怎么回事啊
单细胞不同样本数据整合-解决AnnData合并时ValueError: cannot reindex from a duplicate axis问题
项目场景： 使用scanpy包进行单细胞数据分析时，往往需要整合多个样本的数据，也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。 例如将adata_1和adata...
-
你好，我想请教一下，就是图上四个角的点形状顺序一定要是这样吗，比如你左下角是个三角形的，但是我的三角形在右上角，这种可以吗
10X空间转录组Visium || 空间位置校准
Space Ranger 10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确...
-
请问一下画netVisual_circle的时候，图形四周留白空间很大怎么办呢，计算设置margin = 0.001都没什么用
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
-
这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
-
请问一下多个样本间的多个切片也是用相同的方式整合吗
单细胞空间转录分析之Seurat-多样本整合（浅谈空间批次）
单细胞空间转录组和单细胞分析类似，不可避免的会遇到多样本的问题，这就需要使用多样本整合分析策略Seurat提供了多张切片（slices）整合分析(Merge合并) 单细胞空间...
-
任何call体细胞突变的软件都可以
SNP在染色体上的密度分布图
有两种方法，先看比较简单的一种： 结果： 第二种方法就比较复杂了，需要准备两个文件：一个是包含染色体长度的文件chr_length.txt，格式如下： 一个是包含各个基...
-
想请教一下，如果是想将多个物种的单细胞数据整合到一起分析，目前用的比较多的是哪一种呢
sc-Review:物种间单细胞转录组数据分析
TY - JOURAU - Shafer, Maxwell E. R.M3 - 10.3389/fcell.2019.00175TI - Cross-Species ...
-
请问xCell可以使用自定义的signature吗
表达谱分析组织中细胞组分情况 --- CIBERSORT & xCell
肿瘤微环境是近年来的研究热点。复杂而动态的微环境中，肿瘤细胞与浸润性免疫细胞、基质细胞等相互作用，这在促进或抑制肿瘤生长、侵袭、转移以及对病人临床预后方面可能具有多方面的影响...
-
请问一下为什么同样的regulon会有extended呢，这个怎么理解呢，需要从结果中删除吗
SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型
在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and t...
-
下载速度太慢了，有没有好心人上传百度云啊
GATK bundle 数据下载
GATK 在官网中提供了resource bundle，里面包含了所需要的很多数据。目前提供FTP 和 Google Cloud bucket 2种下载方式，由于用不了Goo...
-
请问一下这个hs_hgnc_tfs.txt是什么文件，要从数据库下载吗
使用pyscenic进行单细胞调控子计算
注：pyscenic发表在Nature protocol上，题为：A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regula...
-
麻烦问一下样本组之间的差异基因相关的配体-受体，程序一次只能针对一种细胞类型进行DEG分析，但是您图上为什么是好几种细胞类型，这个是后续自己画的吗
细胞通讯-iTALK使用方法
作者：ahworld链接：细胞通讯-iTALK使用方法来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 什么是细胞通讯？ 多细胞生物由不同类型的...
-
@周运来就是我 感谢，已经解决了
10X单细胞测序分析软件:Cell ranger
单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...
-
请问一下，我现在有一个样本，但是测了两条lane，然后我将两条lane的R1 R2分别合并，再运行cellranger count，但是得到了这个错误Samples not detected among demultiplexed FASTQs，不同lane之间不能直接这样合并再进行count吗
10X单细胞测序分析软件:Cell ranger
单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...
