file.vcf文件如下所示，包含两个样本、四个变异位点： 现在我想把数字基因型变成字母基因型，比如对于rs1 ，我希望0|0变成GG，1|0变成AG； 对于此需求，要用到c...
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使用 PLINK 把 vcf 的0/0,0/1,1/1转为字母格式的基因型(比如AA,AG,GG)
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全转录组关联分析TWAS的原理与方法
作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica 什么是TWAS 对GWAS（genome-wide association study, 全基因组关联分析）大家应该比较...
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「摸鱼快报009」可能是迄今为止最全的R语言学习手册了!big book of R摸鱼快报是一档致力于轻量化地收集优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目, 力求废话不多, 干货为王. 日常逛推, 发现有个关注了的大叔发了一个关于R的内容. 好奇点进去...
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「摸鱼快报010」一个基于低覆盖度的全基因组测序的群体遗传学数据分析教程摸鱼快报是一档致力于轻量化地收集优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目, 力求废话不多, 干货为王. 项目地址:https://github.com/nt246/lcw...
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使用 KaKs Calculator 计算 KaKs 的衍生问题解答
1 是否需要去除 gaps 和终止密码子 KaKs Calculator 的操作文档写着会去除 gaps 和终止密码子： 当然，强迫症的我还是用数据测试了一下，确认他们是否会...
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GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
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基于单体型haplotypes的群体选择信号的检测——EHH & iHS
基于单体型haplotype的选择信号的检测。在selective sweeps选择过程中，有些强烈受到选择的位点variants由于LD的因素会连带着其附近的位点varia...
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推荐一份系统发育分析的教程对应的github主页 https://github.com/mmatschiner/tutorials[https://github.com/mmatschiner/tut...
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根据VCF构建进化树VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis]，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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circos 学习手册（十六）link 和 relationships（一） 1. 基本 links 的绘制 circos 核心用途之一就是展示轴上位置之间的关系 许多控制连接 link 的参数直接继承自...
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Shell 使用多线程提交任务-FIFO参考： 学习snakemake，三步轻松搭建生信流程![https://zhuanlan.zhihu.com/p/96115459]linux shell 多线程执行程序[h...
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