这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包：Scater。本文主要参考教程：单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。 scater包的...
发简信
IP属地：四川
-
单细胞测序分析之scater包学习笔记 -
VS-code IDE
Nextflow实践中遇到的问题（Nextflow系列之五）
写在前面 中午基本了Nextflow文章的一部分，以为自己可以上手写了。于是马上动手，打算重构手上的一些流程。书写过程中，发现其实...一样写不动。不过，既然已经开始写了，那...
-
开源Web IDE项目 codesandbox 源码解读（1）
概述 最近在做一个开源的Web IDE项目，阅读了很多源码，为了更方便地使用一些开源模块，把项目从vue转到了react，很多地方来回来去写了好几版。我个人非常喜欢在线的ID...
-
您好，教程中--mem=128G，是您自己设置的么，我的基因组很大，在比对时有什么方法也可以设置使用的内存数目呢~
比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
-
简洁 | 优雅地整理 BLAST 比对结果写在前面 用过 BLAST 进行基因功能注释的朋友应该常常遇到两个问题： BLAST 输出格式较多，选择哪一类输出格式更为实用？ 输出结果信息较多，如果方便下游数据分析？ B...
-
TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！写在前面 全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经实现了太久，以至于我自己只记得...
-
基因在染色体上位置可视化感谢CJ大神的反复修改，这个功能越变越好了！本文旨在复现CJ大神推文内容，具体请参考“省心炸鸡”，手动狗头（https://www.jianshu.com/p/b9034ce...
-
-
UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解...
-
CORNAS：一种快速简单鉴定无重复转录组差异基因的方法还记得上次文章的最后提到CORNAS这种方法吗？最近刚好在Github上看到了这个项目，就花了点时间看了下文档感觉操作也比较简单，这里记录一下使用过程，大家共同学习一下。 介...
-
-
通过3个数据集取差异基因的交集复现一篇文中的韦恩图
老大让复现的是一张韦恩图，来自3个数据集，分别找每个数据集的差异基因，然后取UP和DOWN的交集。原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
-
3.基于表观和转录组进行多组学WGCNA分析确定胃肠型糖尿病中的关键甲基化差异基因题目: Identification of hub‐methylated differentially expressed genes in patients with ge...
-
从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
-
如何用基因组绘制代谢通路？只有基因组，想画一个代谢图，折腾了好几天，最后发现仔细看官网文档是最快的，网页搜到的很少有详细讲解的，大多都是只讲一个部分，所以老老实实看官网是最快的。当然若是能检索到中文的...
