作者：ahworld链接：一文了解单细胞基因调控网络（GRN）来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 基因调控网络（GRN）决定并维持cell-typ...
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一文了解单细胞基因调控网络（GRN） -
RcisTarget || 从基因列表到调控网络单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型，不就是基因选择性表达的结果吗？而基因的选择表达受到一系列的转录调控，在这个意义上，细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子...
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pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）
参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(Area Under the Cu...
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GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
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Permutation test（置换检验）以及在R中的应用Permutation test 可以称作是置换检验，Fisher于20世纪30年代提出的一种基于大量计算（computationally intensive），利用样本数据...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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Seurat整合数据集
官方流程：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_mapping.html[https://satijalab.o...
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MetaNeighbor Analysis中函数MetaNeighborUs源代码：https://rdrr.io/bioc/MetaNeighbor/src/R/MetaNeighborUS.R[https://rdrr.io/bioc/MetaN...
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我去查了2019年Stuart等人发表的文献，在第三步scoring anchor的时候，对于每个anchor pair中的细胞，分别找在自己所在样本中的k.score个最近的neighbor与另一个相对的样本中的k.score个最近的neighbor，所以黄色表示的shared NN包含了属于两个样本的细胞。但是第一步中找anchor时是在对方所在的样本中寻找NN的。请问我这样理解是否正确呢？@追风少年i
单细胞数据整合分析之寻找最近邻（k.anchor、k.filter、k.score、MNN）
在单细胞数据中，整合方法是我们用到的最常用的算法，至于函数当然是FindIntegrationAnchors，但是其中有些内容我们需要深入了解一下，在这里我们就需要来弄明白整...
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@追风少年i 但是在第三步对anchor进行评分的时候，红点和蓝点的邻居分别在不同的数据集中，怎么会有重叠呢？就是说score anchors那张图片中，黄色的点究竟是属于红色点所在的样本，还是蓝色点所在的样本呢？
单细胞数据整合分析之寻找最近邻（k.anchor、k.filter、k.score、MNN）
在单细胞数据中，整合方法是我们用到的最常用的算法，至于函数当然是FindIntegrationAnchors，但是其中有些内容我们需要深入了解一下，在这里我们就需要来弄明白整...
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请问第三部步中为何会有共享邻居的存在呢？按照第一步，蓝点所寻找的邻居全部在红点所在的样本中，红点所寻找的邻居全部在蓝点所在的样本中。谢谢~
单细胞数据整合分析之寻找最近邻（k.anchor、k.filter、k.score、MNN）
在单细胞数据中，整合方法是我们用到的最常用的算法，至于函数当然是FindIntegrationAnchors，但是其中有些内容我们需要深入了解一下，在这里我们就需要来弄明白整...
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