一、简介 SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件，能够组装出类似人类基因组大小的de novo草图。SOAPdenovo主要用于大型植物和动物基因组的组装...
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基因组组装—SOAPdenovo2的使用 -
测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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Augustus 基因从头预测
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AU...
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vcf_to_ped_convert.pl 使用指南最近在做遗传统计学的作业，却惨遭ensembl背刺具体表现为线上工具连接1kGenome数据库失效 不过在工具的index页面[https://www.ensembl.org...
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lab1-数据预处理本节要点： 缺失值处理 归一化 数据导入 缺失值处理 若缺失值的个数大于10，忽略该元组 剩余元组中的缺失值用相应列的平均值代替 输出处理后数据的行数和列数 归一化 最小-最...
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1025利用熵评估基因表达的不稳定性作业要求： 根据给定的两个数据文件genefile.txt（基因表达谱）和geneid（基因ID号），利用熵值评价各个基因的表达稳定性，并找出前10个表达最不稳定的基因（可能...
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一个爱读书，喜欢旅游，不会说话的IT懒癌。
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lab2-DEG_heatmap-st练习1：从PDAC-NET.txt表达谱中获得PDAC和NET的差异基因，(显著性水平为0.05 ，fdr 控制在0.01)并对上述差基因画热图。 heatmap必备包 以下...
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1013基因组信息-关联检验作业沾点数学的东西总能让我琢磨好一阵子。完成作业顺便复习一下知识点解答一下自己的疑惑。 关联检验中 期望值 的理解 以题目信息为例 这是实际观察到的一个状态 一看到这个列联表，让...
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lab1_练习1, 2练习一 用mas5方法计算每个探针的表达是否是真实的，可以用mas5calss()实现，结 果中P,M,A分别表示present(表达),margina,absent(未表达...
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affy 包处理affymetrix 表达谱芯片在正式开始操作前做了一些资料的收集，正好搜到了18级学姐的CSDN文章，从她的作业流程中参考了很多↓ 用Bionconductor的affy包处理.cel文件_affy包怎么...
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生物统计学 | Fisher精确检验
最近论文吃紧，本来想搞搞群体多样性的，无奈没时间，为了保持简书上我这个号残余的一点热乎气，今天晚上分享一篇8年前写的旧文，主要讲Fisher检验的，有些不尽如意的地方稍作了一...
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