基因组组装完成之后，就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中，每个contig都能足够的长，能够有一个完整的基因结构，归纳一下就是3C原则: 连续性(Co...
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LAI: 评估基因组质量一个标准
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植物RNA-seq (Salmon)从软件安装到下游分析(纯Mac) 4.8更完写在前面： 整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病，奇怪的是salmon比对后，mapping～15%（不正常），一般来说期望mapping应该是...
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「BioNano系列」光学图谱混合组装应该怎么做？评估从头组装结果 Bionano从头组装出光学图谱CMAP可以和参考序列的CMAP进行比对，通过Access上可视化检查参考基因组的组装质量，比较两者间的不同。 这里所用的C...
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「三代组装」Pacbio组装后如何用自身数据进行polish
三代数据由于其高错误率(目前应该是10%左右), 即便在组装前有一步纠错环节，但是组装得到序列依旧存在着许多错误，因此需要进行polish环节。polish分为两个层次，三代...
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生物信息发文章哪家强如果想在生物信息学专业杂志上发一篇不用做任何具体生物信息分析的文章，应该怎么做？最近发表在 Bioinformatics 的一篇文章或许可以给你一点思路。 随着生物信息的发...
