在单细胞测序数据中，一个样本出现多个001、002等编号是常见的现象。这些编号通常表示不同的测序通道（Lane）。以下是对这种情况的详细解释： 测序通道（Lane）的概念在高...
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为什么单细胞数据会有I1 r1 r2 ，L001 L002等多个样本?
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scanpy adata保存为h5ad时报错
``` AnnData object with n_obs × n_vars = 88862 × 26206 obs: 'group', 'patient_id', 'b...
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Error in `GetAssayData()`: ! GetAssayData doesn't work for multiple layers in v5 assay. Run `rlan...
CellCycleScoring不能用在多layer的seurat对象，所以干脆在合并对象之前进行NormalizedData以及CellCycleScoring操作再进行合...
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Seurat FindNeighbors报错Error in FindNeighbors(sc1, dims = pc.num) : could not find function "Fi...
Matrix 1.6版本以上会和seurat不兼容，回退版本即可remove.packages("Matrix") packageurl <- 'https://cran.r...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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Aspera下载安装使用Aspera Linux 安装 conda 安装 在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以...
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不是找出来的特异性不高，你要指定sc.pl.doplot的参数： standard_scale='var'
单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图
1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
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Scanpy数据结构：AnnDataAnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...
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单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder起因：最近有个问题样本，跑完cellranger，样本的cellranger结果如下，细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中，线粒体基因占比和双细胞率均很高，用scDb...
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
