在GWAS分析之前,一般需要对基因型文件进行过滤,包括:缺失率、MAF、杂合率、双等位、仅SNP等。 运用bcftools进行进行双等位和仅SNP的过滤; bcftools支...
fdisk最大只支持2T的硬盘,推荐gdisk进行分区 利用lsblk命令列列出新建的分区 再利用mkfs.ext4命令对新建的分区进行格式化 最后将其挂载就可以使用了
输入数据格式为: 利用该脚本,可以获得标记的等位信息、杂合率、MAF、缺失率及PIC值。
可能是github的问题,你可以将脚本中的内容拷贝到文本文档中使用
通过perl脚本将fasta格式转换为KaKs_Calculator需要的AXT格式这个perl脚本的作用是将Mega等软件比对保存的fasta格式的结果转化为KaKs_Calculator软件需要的AXT的输入格式。可以通过下面的地址下载:https://...
http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat#format1,这个网站有介绍bed格式,可以用文本文档直接编辑,或者在Excel中编辑好了拷贝到文本文档。如果熟悉脚本编程的话,会更高效。文本文档的文件后缀可以改成bed,也可以不用改,看你习惯。
利用bedtools提取基因组指定区域序列利用bedtools能够快速批量的提取基因组上指定区域的序列。 1. Example: 文件说明example_genome.fasta基因组序列;example.bed指定...
在perl处理fasta文件是,需要每次读入一个完整的 序列头+序列,需要利用到 将perl默认的行分隔符切换为">"。 且从文件中第一次读取的内容为">"号,可以在 进行去...
利用bedtools能够快速批量的提取基因组上指定区域的序列。 1. Example: 文件说明example_genome.fasta基因组序列;example.bed指定...
这个perl脚本的作用是将Mega等软件比对保存的fasta格式的结果转化为KaKs_Calculator软件需要的AXT的输入格式。可以通过下面的地址下载:https://...
example: #!/usr/bin/perl -w use warnings; =pod XXX .... =cut
问题:两个玉米自交系A和B,先进行杂交,产生的F1与B进行回交,假设有100对标记用于区分A和B。在BC1中,我们利用这100对标记对每个单株进行了分型。求每个单株的亲本片段...
example: ``` #!/usr/bin/perl -w use strict; my $array=<<'EOF' XXX ... EOF print $array;...
用法: 遍历List中的元素,存于$_中。返回List中使BLOCK或EXPR为真的元素的子列表。 例如: @return_list1中的元素则为qw(apple),@lis...
环境设置(利用anaconda安装)conda install -c conda-forge requestsconda install -c jiayi_anaconda ...