转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型 -
irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（修订版）一、背景 许多Functional Class Scoring (FCS)方法，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
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生信入门（1）——单细胞组学python与R文件转换
大家好，在下生信小白一名，现整理自己初学期间遇到的问题和解决方案，供大家参考，如若有大佬提供更好地建议或者补全解决方案，不胜感激！ 对于出入门的小白来说，同时熟练的掌握pyt...
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irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（中文教程）一、背景 在单细胞转录组测序中，整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为，校正批次效应后的数据，会掩盖...
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R语言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定义：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法， 用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分...
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RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形...
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每日R语言绘图（10）——vioplot绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 library(ggpubr) inputFile="input.txt" outFile="viop...
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NC：利用SpaceFlow分析组织中细胞的时空模式 | 空转工具推荐分析空间转录组数据集的一个主要挑战是同时合并细胞转录组相似性及其空间位置。近日《Nature Communications》发表了一个灵活的深度学习框架：SpaceFlow，...
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每日R语言绘图（9）——boxplotFacet绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 library(ggplot2) library(reshape2) inputFile="input.t...
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每日R语言绘图（8）——boxplotClinical临床箱型图绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 library(ggpubr) inputFile="input.txt" outFile="boxp...
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每日R语言绘图（7）——boxplotMulti多个箱型图绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 #引用包 library(reshape2) library(ggpubr) inputFile="inp...
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每日R语言绘图（6）——boxplotDiff差异箱型图绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 library(ggpubr) #引用包 inputFile="input.txt"...
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每日R语言绘图（5）——boxplotSort排序箱型图绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 #引用包 library(plyr) library(ggpubr) inputFile="input.t...
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每日R语言绘图（4）——barplotGroup绘出后的图如下： 所需的数据文件格式如下： ####下面是有关代码 library(ggpubr) #引用包 inputFile="input.txt...
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线粒体自噬作为治疗各种癌症的新方法具有巨大的前景Mitophagy-Related Gene Signature for Prediction Prognosis, Immune Scenery, Mutation, an...
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主成分分析（PCA）& 主坐标分析（PCoA）——R包绘图（2D/3D散点图）导读 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法。PCA通过线性变换将原始...
