WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法 -
报错处理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found
在使用Seurat进行单细胞分析时，使用FindNeighbors函数功能时，出现下面的报错 这是Matrix这个包有问题，需要更新Rtools，并重新装载Matrix这个包...
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半路出家生信分析最重要的是什么大家好，好久不见，这个公众号目前只有我在写，所有更新随心所欲，想起来什么就发点啥，也不为挣钱，希望能跟大家分享一些自己在生信学习中的感受。今天来聊一聊生信学习最重要的是什么。...
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自噬学习一------线粒体自噬
线粒体自噬的研究方法 原创 瞿飞；经作者同意转自 Autophagy欢迎关注Autophagy公众号，并加入 细胞自噬交流群 线粒体自噬是一种选择性清除多余或受损线粒体的自噬...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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第一次用scanpy分析单细胞数据In May 2017, this started out as a demonstration that Scanpy would allow to reproduce m...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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您好 需要调整哪个参数呢？谢谢啦
Error in idx[i, ] <- res[[i]][[1]] : number of items to replace is not a multiple of replacement ...
调整下参数就好了
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ggplot2循环出图在用ggplot画图的过程中，我们常常希望能够循环某个变量同时画很多图。如我们的数据是testdata 如果我们按stage来画某个基因的表达： ggplot(testdat...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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2022-11-20周末随记
2022年11月20日 周天今天没有想工作的任何事情，也没开电脑，放空大脑，晒太阳，看闲书。初冬暖阳，如沐慈悲。我在想卷的这个事情，大家都在知识或者价值的队伍中排队，或者说，...
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sctransform预处理后，如何进行差异表达分析一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform），执行差异表达分析代码有所不同，这个需要注意。我当时请教过...
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scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Nature communication居然用R调用...
