个性化需求 鉴定得到的wgd gene pair，TBtools计算得到TBtools.kaks.tab.xls，绘制Ks为横坐标，Ka为纵坐标的点图，对各数据进行分别以斜...
IP属地：西藏
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「比较基因组学」简单个性化之画KaKs图 -
使用vcftools对变异文件进行群体分析Tajima D 这个是选择相关的一个参数，大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度，稀有等位基因频率降低（群体收缩或者平衡选择），小于0说明群体观测杂合位点少于预期值，稀有等...
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WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的...
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WGDI软件（二）：单个物种共线性点阵图-dotplot前言 点阵图（dotplot）作为比较基因组最基础的分析，常用的分析软件有JCVI、mummer等，这里介绍一种新的点阵图方法，即WGDI画点阵图。软件安装见小编另一篇博客W...
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如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？写在前面 高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。他们再发多少paper，事实上，...
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【比较基因组】共线性分析（WGDI）如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
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基因选择压力分析 | Ka/Ks, Dn/Ds 大规模计算，更快更准！写在前面 来来去去，这个主题相关的，我已经写过很多个推文，甚至还包括与Raindy（福建农林高芳銮老师）合作开发和发表了 EasyCodeML。只能说，确实是一个相对常见但似...
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InterPro 注释和结果可视化一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
