同求，超到的ks咋过滤
全基因组复制分析（WGD）全基因组复制 全基因组复制事件是物种的染色体由于某种原因整体复制加倍的事件； 大多数被子植物都经历过多倍化事件； 物种在自然选择压力较大的时候可能会发生全基因组复制来丰富自己...
IP属地：陕西
-
-
「比较基因组学」简单个性化之画KaKs图个性化需求 鉴定得到的wgd gene pair，TBtools计算得到TBtools.kaks.tab.xls，绘制Ks为横坐标，Ka为纵坐标的点图，对各数据进行分别以斜...
-
使用vcftools对变异文件进行群体分析Tajima D 这个是选择相关的一个参数，大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度，稀有等位基因频率降低（群体收缩或者平衡选择），小于0说明群体观测杂合位点少于预期值，稀有等...
-
WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
-
宏基因组学/群体遗传学 方向
-
我进行ksd分析时，报错：AttributeError: type object 'object'has no attribute 'dtype',不知道啥问题，求助！
使用WGD鉴定全基因组复制
转载自链接：https://www.jianshu.com/p/3cfeb49c821a[https://www.jianshu.com/p/3cfeb49c821a] 古老...
-
任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的...
-
WGDI软件（二）：单个物种共线性点阵图-dotplot前言 点阵图（dotplot）作为比较基因组最基础的分析，常用的分析软件有JCVI、mummer等，这里介绍一种新的点阵图方法，即WGDI画点阵图。软件安装见小编另一篇博客W...
-
如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？写在前面 高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。他们再发多少paper，事实上，...
-
【比较基因组】共线性分析（WGDI）如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
-
基因选择压力分析 | Ka/Ks, Dn/Ds 大规模计算，更快更准！写在前面 来来去去，这个主题相关的，我已经写过很多个推文，甚至还包括与Raindy（福建农林高芳銮老师）合作开发和发表了 EasyCodeML。只能说，确实是一个相对常见但似...
-
InterPro 注释和结果可视化一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
-
如何获得一个基因的结构域呢？CDD数据库的使用导师交给我一个基因，该怎么去查询这个基因的保守结构域，以便我后续对这个基因的进一步研究呢？话不多说直接上图： 1. NCBI中CDD数据库的查询和使用 打开NCBI首页，...
-
几个预测蛋白结构、理化性质的在线工具
1.预测理化性质：分子量(Da)、等电点(PI)\不稳定系数(Instability index)、亲水指数(Grand average of hydropathicity-...
-
您好，我就是删除了所有不同物种间拷贝数差异过大的基因家族依旧报错，博主大大，如何将lambda值调低(0.0001)再进行计算呢？
比较基因组学分析2：基因家族收缩与扩张分析
比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
-
比较基因组学分析2：基因家族收缩与扩张分析比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
