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一文读懂PDB格式 protein database bank
最近在做分子对接和分子模拟，涉及到了一些盲区，必去pdb文件是按照列位数储存信息的，跟其他文件的空格或者制表符分割很不同，所以也可能出现一些错误，比如信息错位，因此有必要了深...
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三行代码搞定AutoDock Vina批量分子对接分子对接是药物发现和蛋白研究中的核心步骤，但传统流程中，从分子下载、软件配置到结果分析，往往需要繁琐的操作和大量参数调试，让新手望而却步。 今天就给大家分享一套极简方案——用...
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大队列CT胰腺癌PANDA 模型 医生结合AI后，病灶检测灵敏度提升 8.5%，胰腺癌识别灵敏度提升 20.5%，住院医师性能接近专家水平胰腺癌（PDAC）因早期难发现、预后极差被称为“癌王”，多数患者确诊时已处于晚期，错失手术机会。近期，《Nature Medicine》发表的一项研究显示，中国团队研发的AI...
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最新影像组学多模态模型预测肺癌新辅助免疫化疗 作者开源模型 可以用于自己研究中直接提取特征或者经过微调后再提取特征2024年一项发表于《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》的多中心研究显示，通过术前平扫+增强CT构建的深度学习模型（LUNAI-fCT）...
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CIRCexplorer3 | 踩坑之路
创建circexplorer3环境 python版本需为2.7+ 软件版本问题 注意：Samtools=0.1.18.0，Bowtie=1.0.0.0，tophat=2.0....
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一文掌握最新版本Monocle3单细胞轨迹（拟时序）分析许多大佬的软件想要构建一个大而美的生态，从 monocle2 开始就能做单细胞的质控、降维、分群、注释这一系列的分析，但不幸的是我们只知道 monocle 系列还是主要做拟时...
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SeuratExtend 可视化教程（1）：单细胞分析的高颜值绘图指南在单细胞RNA测序分析中，可视化是揭示数据背后生物学模式的关键步骤。Seurat作为单细胞分析的主流工具，虽然功能强大，但在可视化方面仍有提升空间。今天就为大家介绍Seura...
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手把手教你构建人+EBV融合基因组：10X单细胞转录组定量参考文件制作全攻略
在单细胞转录组研究中，参考基因组的质量直接决定了基因定量的准确性。对于研究 Epstein-Barr 病毒（EBV）相关疾病（如 Burkitt 淋巴瘤、鼻咽癌等）的科研人员...
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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理27 GSE83456写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究...
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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理26 GSE28623100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理 写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的...
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CibersortX的替代者BayesPrism用单细胞数据去卷积得到普通转录组细胞类型比例CibersortX网站是常用的工具，但是是网页上传数据，现在网页503打不开，而BayesPrism在PMID: 37717006[https://pubmed.ncbi....
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单细胞分析揭示鼻咽癌微环境中免疫逃逸的多种模式尝试换一种文献阅读笔记分享方式，只记录重要结论，新技术，新方法，新知识 主要发现 鼻咽癌免疫逃逸的三种模式 部分肿瘤细胞降低MHC表达。 肿瘤细胞的主要组织相容性复合体（MH...
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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE21257(009)100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理 写在前边 虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的...
