相信现在大家去接头应该都在用trimmomatic了吧
二代测序的数据的分析——质量控制质量控制 测序质量检查-FastQC FastqcFastqc website (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/proje...
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从测序原理上来说,只需要去一种接头就可以,另外一边的接头不应该被测到,或者说如果被测到了,这条序列基本就没有数据。
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再Step2降维的代码部分,"method"应该是“reduction_method = "
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用david转换成ENTREZID基因 对KEGG富集结果可视化 画出来选定某一通路的图形 画出来选定某一通路的图形,我们的基因集中在该通路出现的基因变成绿色显示在该通路中
可以用IGV来看基因上峰的情况。也可以用R语言作图,或者上传UCSC作图。
MACS2学习笔记安装默认使用Conda macs2的基本命令 输出文件包括 为了方便在IGV上查看ChIP-seq的结果和后期的可视化展示,所以我们需要把macs2的结果转化为bw提供给IG...
安装默认使用Conda macs2的基本命令 输出文件包括 为了方便在IGV上查看ChIP-seq的结果和后期的可视化展示,所以我们需要把macs2的结果转化为bw提供给IG...
染色体号后面出现的其他字符 表示某一染色体上的scaffold,由于它们在该染色体位置的确切位置未知,所以后边会标注random。
第八步 peak注释的代码里,使用的包应该是ChIPseeker。
ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程放在最前面的参考链接:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 数据来源的文章: The landscape of accessible chromatin in m...
很好,md源代码发给我,我会在生信技能树公众号发布
我记得trim galore的rrbs选项就是做了这个,不需要再去两个bp
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质量控制 测序质量检查-FastQC FastqcFastqc website (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/proje...