引言 近期读到一篇刚发表在ACSCentralScience上的文章，思路让我眼前一亮。 传统的激酶抑制剂，无论是ATP竞争性抑制剂（如伊马替尼）还是变构抑制剂（如阿西米尼）...
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激酶药物研发新策略：化学诱导接近（CIP）如何通过抑制性磷酸化关闭致癌BCR-ABL -
相分离数据库实操指南③：如何利用PhaSepDB 3.0全面挖掘相分离蛋白的功能、调控与疾病关联？引言 前两篇我们分别拆解了PhaSePro（脚手架蛋白金标准数据库）和LLPSDBv2.0（体外实验条件宝库）。前者帮你确认“哪些蛋白是已知的驱动蛋白”，后者帮你设计“体外验...
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AP/IP-MS、PL-MS与XL-MS在「解构蛋白复合体组成」中的作用与选择引言 解析蛋白复合体的组成、动态变化和空间结构，已成为蛋白质组学和结构生物学领域的核心命题。研究者通常需要回答三个核心问题：复合体里到底有哪些成员？那些动态的过客是谁？成员之...
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蛋白翻译后修饰互作组学：把修饰肽段作为诱饵的非常规质谱方法引言 大多数课题组做IP-MS的思路是：拉一个蛋白看谁和它结合。然而，这种结果往往被细胞内丰度极高的组成型互作所主导，那些依赖于特定翻译后修饰（PTM）状态、稍纵即逝的动态互...
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相分离数据库实操指南②：如何利用LLPSDB v2.0查找体外相分离实验条件与相图数据？引言 上篇我们详细拆解了相分离领域的“金标准”数据库PhaSePro，学会了如何查找已被文献报道的驱动蛋白（脚手架蛋白）。但实际科研中，仅仅知道“哪些蛋白能相分离”往往不够—...
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相分离数据库实操指南①：如何利用金标准数据库PhaSePro寻找已有文献报道的驱动蛋白？引言 上篇我们系统盘点了相分离研究四大主流数据库的定位与特色，并厘清了“脚手架蛋白”与“客户蛋白”这对关键概念。但光知道定位还不够 ——如何真正上手操作，如何在真实科研场景中...
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四大相分离研究数据库盘点：PhaSePro / LLPSDB v.2.0 / PhaSeDis / PhaSepDB引言 液-液相分离（LLPS）已经成为细胞生物学领域最令人兴奋的研究方向之一。从核仁到应激颗粒，从转录调控到信号转导，蛋白质和核酸通过相分离自发组织形成无膜细胞器，在时空上精...
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蛋白互作干货：免疫沉淀质谱（IP-MS）实验中的三种对照组设置方案引言 在现代高深度蛋白质组学研究中，免疫沉淀-质谱联用技术（IP-MS）已成为解析蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）的“金标准”。 然而，这项技术最大的痛点在于非特异性结合带...
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从两篇Cancer Cell经典研究分析：如何寻找细菌-宿主互作的关键分子对引言 在抗菌药物研发中，如何精准找到细菌入侵的“钥匙”？益生菌的健康益处，究竟由哪个表面蛋白与肠道上皮“对话”？肿瘤微生物组里，特定细菌又是通过什么分子与免疫细胞受体博弈？ ...
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蛋白翻译后修饰（PTMs）之间的交叉对话引言 上篇我们拆解了PTM调控蛋白功能的5种核心机制，帮大家建立了单一修饰的基础分析框架。但做过机制研究的同行都清楚，真实细胞里几乎没有孤立的修饰——绝大多数蛋白的功能表型，...
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蛋白翻译后修饰（PTMs）对蛋白功能影响的五大核心机制引言 如果现在让你用一句话概括翻译后修饰的功能，你多半会脱口而出：“磷酸化就是个分子开关嘛。”我刚开始接触这个领域时，也是这么想的。但真正自己读文献、分析数据之后，很快就会被...
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相分离的七大核心驱动力：入门者的全景解读引言：为什么要关心“驱动力”？ 如果你刚接触液-液相分离（LLPS）这个领域，很可能会被一连串问题困住： 为什么有些蛋白质能在细胞里自发“抱团”形成液滴？ 为什么改变一个氨基...
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下一个国自然风口 |“中药自组装纳米颗粒”必学的3大核心思路中药汤剂里的"浑浊"，竟然是药效的关键 熬过中药的人都见过汤剂浑浊、挂壁、分层的现象，在过去很长一段时间里，这些"浑浊物"都被当作无用杂质被过滤丢弃。直到纳米科学的介入，这一...
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从Co-IP到Turbo-ID邻近标记：如何精准捕捉蛋白互作网络中的“分子桥梁”引言 在日常的蛋白-蛋白相互作用（PPI）研究中，存在这样一个令人头疼的场景： 前期通过转录组学或表型分析，强烈暗示蛋白A和蛋白B存在功能上的协同；但免疫共沉淀（Co-IP）...
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相分离研究入门（三）：荧光斑点是相分离发生的核心依据吗？相分离在活细胞内的严谨验证引言 在前两篇连载中，丸子带大家完成了目标蛋白的相分离生信预测与体外重构验证，终于在试管里拿到了蛋白“内在”相分离能力的硬证据。但别高兴得太早，必须明确一点：你的蛋白在体外干...
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相分离研究入门（四）：功能闭环 | 如何确立相分离与特定生物学功能之间的因果关系引言 在前三篇连载中，丸子带大家系统走完了相分离的生信初筛、体外重构金标准验证，以及活细胞内的严谨鉴定，一步步搭建起了相分离现象鉴定的完整证据链。但走到这里，大家一定要记住：...
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相分离研究入门（二）：试管中的证据|体外重构相分离的“金标准”实验方案引言 上一篇《相分离研究入门（一）：如何从序列特征预测你的蛋白能否发生相分离？ - 简书[https://www.jianshu.com/p/069fd6337dfb?v=1...
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相分离研究入门（一）：如何从序列特征预测你的蛋白能否发生相分离？引言 液-液相分离（LLPS）火了十多年，从最初的“无膜细胞器怎么来的”，到如今渗透进转录调控、应激颗粒、神经退行性疾病、肿瘤等几乎所有热门方向——可以说，它彻底颠覆了我们对...
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植物相分离研究：B-isox MS技术从相分离蛋白库中找到你的下一个课题引言 前阵子我在翻文献的时候，发现了一个特别有意思的现象：相分离 这个词在动物细胞生物学圈子已经火了好几年了——从应激颗粒到转录凝聚体，从神经退行性疾病到肿瘤发生，几乎刷屏了...
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【药物靶点筛选】如何判断药物靶点是被抑制还是被激活引言 在靶向药物发现中，筛选到一个候选化合物与目标蛋白结合的信号之后，面临的核心问题往往是：这个化合物到底是激活（激动剂/活化剂）还是抑制（拮抗剂/抑制剂）靶点的功能？这个看...