引言 很多同行都有过一样的困惑：筛到一个活性不错的小分子，却拿不准它和靶蛋白是共价结合还是非共价结合。 这两种结合模式对应的后续优化方向、成药逻辑完全不同。过去共价药物因为脱...
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共价 vs 非共价药物如何区分？一套可以直接照做的实验判定体系 -
中药体外作用机制研究：复方/单体的体外给药物浓度筛选引言 刚接触体外细胞机制实验时：为了拿到显著的通路调控结果，下意识拉高了给药浓度，最后看似数据漂亮，实则完全脱离生理实际，投稿时直接被编辑指出浓度设置存在方法学硬伤。相信很多...
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互作蛋白筛选：筛到了E3连接酶的互作蛋白，怎么验证哪个才是真正的底物引言 在泛素-蛋白酶体系统（UPS）的研究中，拿到候选互作蛋白列表只是验证之路的起点。成百上千个候选蛋白中，混杂着高丰度骨架蛋白、分子伴侣、间接结合亚基，以及大量非特异性互作...
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中药机制研究：「活性成分分析」与「入血成分分析」有啥区别？引言 在日常交流中，我们经常把“中药里有什么”和“体内真正起效的是什么”混为一谈。 实验室里经常能听到这样的对话： “我查到XX中药里含有槲皮素，文献报道它抗炎活性很强，可以...
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【中药靶点筛选】做中药药理不止有TCMSP！这8个主流中药专病数据库你知道吗？引言 在中药网络药理学里，TCMSP、TCMID、ETCM这些通用数据库基本是“入门标配”，前期用起来确实顺手，搭网络也快。 但往后做深入一点就会明显感觉不够用：靶点偏泛、缺...
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药物靶点筛选全指南：直接物理结合靶点与间接调节靶点的核心区别引言 观察到化合物处理后某个蛋白的磷酸化水平显著下降，下意识就把它当成了化合物的“作用靶点”，打算围绕它做后续的结合验证。直到和导师讨论时才被点醒：这个蛋白更可能是通路下游的...
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中药靶点筛选 | 如何构建”药物-靶点-疾病“网络引言 每次研究中药网络药理学，我总会被其中的复杂性和巧妙性吸引：几百种成分，可能作用于上千个靶点，该如何理清它们和疾病之间的关系？ 对于研究者来说，构建“药物-靶点-疾病”网...
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作用机制研究前传 | 常用细胞系大盘点与基于实验需求的选择指南引言 刚进实验室做细胞实验时，我总觉得细胞系选“前人常用的”准没错——别人用HeLa做信号通路我也跟着用，别人转293T包装病毒我也照抄流程。 直到有一次用293T研究神经元...
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近两年网络药理学领域有哪些值得关注的新进展？引言 最近一段时间，我一直在系统学习网络药理学相关内容，也在思考一个问题：如果现在开始做一个网络药理学课题，还能按照几年前的套路开展研究吗？ 相信不少正在读研、读博，或者刚接...
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如何选择蛋白互作技术？IP-MS vs. 酵母双杂交深度对比引言 想要找到与靶蛋白结合的互作分子，目前实验室最主流、应用最广泛的两大技术就是免疫沉淀-质谱联用（IP-MS）和酵母双杂交（Y2H）。 最开始我也反复纠结：两种技术到底有什...
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中药复方与中药单体靶点筛选策略对比与技术全景剖析引言 在中药研究中，为什么单体化合物的靶点可以“数得清”，而复方的靶点常常“数不清”。比如，青蒿素靶点明确，而黄连解毒汤就复杂得让人头疼。这其实源于两者在研究策略上的本质不同...
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相分离实验指南 | 细胞内相分离复合物的直接提取引言 上一回咱们聊了怎么在试管里把相分离蛋白纯化成“乖乖单体”。但体外体系终究是个理想化的玩具——细胞里那些关键的翻译后修饰、拥挤的分子环境，通通被丢了。 研究者们当然不满足...
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相分离蛋白体外重组表达与纯化全流程解析：以FUS蛋白为例的标准实验方案引言 研究相分离蛋白，第一步也是最头疼的一步，就是拿到高纯度、有生理活性的单体蛋白。只有这样，我们才能在试管里重构它的相变过程，探究它的生物物理特性。但这类蛋白偏偏富含天然无...
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筛选到差异基因后怎么办？机制研究必须完成的验证闭环引言 承接上篇内容我们已经清楚：转录组、蛋白组筛出来的差异基因，身份并不单一，分为驱动基因、扰动基因、响应基因三类。绝大多数研究者止步于差异分析、GO/KEGG富集，就直接下...
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【差异基因/蛋白筛选】组学筛选到的差异基因是什么？引言 组学筛选（转录组学/蛋白质组学）的本质是高维度的相关性分析。它将两组样本进行统计对比，输出一个长长的差异分子列表。然而，统计上的显著差异绝不等于功能上的因果驱动。 很多...
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相分离数据库实操指南④：如何利用PhaSeDis挖掘相分离-疾病关联及潜在干预小分子？引言 前三篇我们分别拆解了三大相分离数据库： 1.PhaSePro：脚手架蛋白“金标准”，告诉你哪些蛋白是已被严格验证的驱动蛋白； 2.LLPSDBv2.0：体外实验“条件宝...
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激酶药物研发新策略：化学诱导接近（CIP）如何通过抑制性磷酸化关闭致癌BCR-ABL引言 近期读到一篇刚发表在ACSCentralScience上的文章，思路让我眼前一亮。 传统的激酶抑制剂，无论是ATP竞争性抑制剂（如伊马替尼）还是变构抑制剂（如阿西米尼）...
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相分离数据库实操指南③：如何利用PhaSepDB 3.0全面挖掘相分离蛋白的功能、调控与疾病关联？引言 前两篇我们分别拆解了PhaSePro（脚手架蛋白金标准数据库）和LLPSDBv2.0（体外实验条件宝库）。前者帮你确认“哪些蛋白是已知的驱动蛋白”，后者帮你设计“体外验...
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AP/IP-MS、PL-MS与XL-MS在「解构蛋白复合体组成」中的作用与选择引言 解析蛋白复合体的组成、动态变化和空间结构，已成为蛋白质组学和结构生物学领域的核心命题。研究者通常需要回答三个核心问题：复合体里到底有哪些成员？那些动态的过客是谁？成员之...