引言 不同蛋白互作存在直接/间接、稳定/瞬时、强弱结合的本质区别，选错实验方法极易出现大量假阴性、假阳性，白白耗费样本与实验周期。 今天我们将从三维分类体系拆解蛋白互作底层逻...
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蛋白互作研究 | 你的靶蛋白间是直接/间接、稳定/瞬时还是强/弱结合？ -
植物液 - 液相分离实验框架搭建：农学如何用LLPS做课题？四条可直接开题的研究路线引言 在上篇中，我们系统梳理了液-液相分离（LLPS）的底层作用机理以及相分离调控植物环境感知、开花发育、免疫防御、光合固碳、病毒互作的完整分子通路。 不少师弟师妹、同行私下...
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植物环境感知、发育、免疫、光合、病毒互作中的液-液相分离（LLPS）引言 最近几年我在阅读植物、育种、分子生物学文献时，看到一个高频词：液-液相分离（LLPS）。过去我们理解细胞，总默认膜结构是划分功能区室的唯一标准，但相分离直接推翻了这套固...
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共价 vs 非共价药物如何区分？一套可以直接照做的实验判定体系引言 很多同行都有过一样的困惑：筛到一个活性不错的小分子，却拿不准它和靶蛋白是共价结合还是非共价结合。 这两种结合模式对应的后续优化方向、成药逻辑完全不同。过去共价药物因为脱...
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中药体外作用机制研究：复方/单体的体外给药物浓度筛选引言 刚接触体外细胞机制实验时：为了拿到显著的通路调控结果，下意识拉高了给药浓度，最后看似数据漂亮，实则完全脱离生理实际，投稿时直接被编辑指出浓度设置存在方法学硬伤。相信很多...
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互作蛋白筛选：筛到了E3连接酶的互作蛋白，怎么验证哪个才是真正的底物引言 在泛素-蛋白酶体系统（UPS）的研究中，拿到候选互作蛋白列表只是验证之路的起点。成百上千个候选蛋白中，混杂着高丰度骨架蛋白、分子伴侣、间接结合亚基，以及大量非特异性互作...
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中药机制研究：「活性成分分析」与「入血成分分析」有啥区别？引言 在日常交流中，我们经常把“中药里有什么”和“体内真正起效的是什么”混为一谈。 实验室里经常能听到这样的对话： “我查到XX中药里含有槲皮素，文献报道它抗炎活性很强，可以...
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【中药靶点筛选】做中药药理不止有TCMSP！这8个主流中药专病数据库你知道吗？引言 在中药网络药理学里，TCMSP、TCMID、ETCM这些通用数据库基本是“入门标配”，前期用起来确实顺手，搭网络也快。 但往后做深入一点就会明显感觉不够用：靶点偏泛、缺...
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药物靶点筛选全指南：直接物理结合靶点与间接调节靶点的核心区别引言 观察到化合物处理后某个蛋白的磷酸化水平显著下降，下意识就把它当成了化合物的“作用靶点”，打算围绕它做后续的结合验证。直到和导师讨论时才被点醒：这个蛋白更可能是通路下游的...
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中药靶点筛选 | 如何构建”药物-靶点-疾病“网络引言 每次研究中药网络药理学，我总会被其中的复杂性和巧妙性吸引：几百种成分，可能作用于上千个靶点，该如何理清它们和疾病之间的关系？ 对于研究者来说，构建“药物-靶点-疾病”网...
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作用机制研究前传 | 常用细胞系大盘点与基于实验需求的选择指南引言 刚进实验室做细胞实验时，我总觉得细胞系选“前人常用的”准没错——别人用HeLa做信号通路我也跟着用，别人转293T包装病毒我也照抄流程。 直到有一次用293T研究神经元...
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近两年网络药理学领域有哪些值得关注的新进展？引言 最近一段时间，我一直在系统学习网络药理学相关内容，也在思考一个问题：如果现在开始做一个网络药理学课题，还能按照几年前的套路开展研究吗？ 相信不少正在读研、读博，或者刚接...
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如何选择蛋白互作技术？IP-MS vs. 酵母双杂交深度对比引言 想要找到与靶蛋白结合的互作分子，目前实验室最主流、应用最广泛的两大技术就是免疫沉淀-质谱联用（IP-MS）和酵母双杂交（Y2H）。 最开始我也反复纠结：两种技术到底有什...