一个基因组学研究生
发简信
IP属地：广东
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PRO-seq文献阅读Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
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ChIP-seq和CUT&Tag技术ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀 + 高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域 1. 甲醛交联：将所有蛋白和其结合的DNA固定下来 2. 染色质片段化：裂解细胞、DNA...
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随机森林原理介绍与适用情况（综述篇）一句话介绍 随机森林是一种集成算法（Ensemble Learning），它属于Bagging类型，通过组合多个弱分类器，最终结果通过投票或取均值，使得整体模型的结果具有较高...
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在Linux服务器下载诺禾致源释放的数据
https://www.cnblogs.com/biohy/p/14046336.html[https://www.cnblogs.com/biohy/p/14046336....
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2022-04-20【文献分享】李家洋院士：野生异源四倍体水稻的从头驯化最近看到李家洋院士团队2021年在《cell》发表的这篇文章A route to de novo domesticationof wild allotetraploid ri...
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MSTmap：遗传图谱分析软件一、MSTmap软件介绍 MSTmap有网页版、Linux版两个版本： 在线网页版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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构建遗传图谱---作图群体如何选择？
基因定位最有效且最常用的方法就是先构建遗传连锁图谱再进行基因定位，该方法对于数量性状和质量性状的基因定位都适用。 构建连锁图谱的前提是建立作图群体，建立作图群体需要考虑几个因...
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调节性R-loops：促进基因表达和基因组稳定性（一）R-loops是一种含RNA-DNA杂合体的三链结构，经常在转录中形成。R-loop的错误调控与DNA损伤、转录延伸缺陷、过度重组和基因组不稳定性有关。与这种非计划的...
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用gffread从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列
https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e[https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e]1...
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ANNOVAR | 变异注释【上】
一、简介 会得到一系列变异数据，这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变，至于这个改变会不会影响生物学功能，我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数...
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“对于同一个物种，不管它的样本是哪种组织（正常的或病变的），也不管有多少个不同的样本，只要它们都拥有相同数量的基因，那么它们的r_mean都将是一致的”这一句可能有问题。只能说一个样本中所有基因表达丰富的均值与测序状态无关，由样本中转录的基因总数决定，而非基因总数。因此，样本来自哪种组织，取样时间等都会影响此样本中转录基因的总数。
RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法
目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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『R脚本练习』dplyr各种join
在刚接触用代码行处理数据的时候，受到课题组的影响，是从shell入门的，具体说逃不过sed grep awk,在这之前我只会用excel下的函数，excel下有个很好的垂直查...
